+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6etz | ||||||
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Title | Cold-adapted beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cB | ||||||
Components | Beta-galactosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / galactosidase / cold-adapted / psychrophilic / dimeric | ||||||
Function / homology | Function and homology information lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arthrobacter sp. 32cB (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Bujacz, A. / Bujacz, G. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Crystals / Year: 2018 Title: In Situ Random Microseeding and Streak Seeding Used for Growth of Crystals of Cold-Adapted Beta-D-Galactosidases: Crystal Structure of BetaDG from Arthrobacter sp. 32cB Authors: Rutkiewicz-Krotewicz, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Wanarska, M. / Cieslinski, H. / Bujacz, A. #1: Journal: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / Year: 2019 Title: Structural features of cold-adapted dimeric GH2 beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cB. Authors: Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Bujacz, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6etz.cif.gz | 417.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6etz.ent.gz | 334.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6etz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6etz_validation.pdf.gz | 453.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6etz_full_validation.pdf.gz | 459.5 KB | Display | |
Data in XML | 6etz_validation.xml.gz | 46.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6etz_validation.cif.gz | 73.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/6etz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/6etz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1yq2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 107768.289 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter sp. 32cB (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A023UGN9, beta-galactosidase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | ChemComp-MLI / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 61.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 35% Tacsimate pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.987 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 24, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→46.73 Å / Num. obs: 128996 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.98 % / Biso Wilson estimate: 33.101 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.154 / Net I/σ(I): 14.46 / Num. measured all: 1287351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1YQ2 Resolution: 1.8→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.1975 / WRfactor Rwork: 0.1611 / FOM work R set: 0.8463 / SU B: 4.859 / SU ML: 0.077 / SU R Cruickshank DPI: 0.0913 / SU Rfree: 0.0948 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.095 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.5 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.02 Å2 / Biso mean: 44.29 Å2 / Biso min: 25.47 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→46.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.796→1.843 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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