[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6sea: Cold-adapted beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cB muta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sea | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Cold-adapted beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cB mutant E441Q in complex with lactose bound in deep mode | |||||||||
Components | Beta-galactosidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / galactosidase / cold-adapted / psychrophilic / dimeric | |||||||||
Function / homology | Function and homology information lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Arthrobacter sp. 32cB (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.869 Å | |||||||||
Authors | Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Bujacz, G. | |||||||||
Funding support | Poland, 1items
| |||||||||
Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2019 Title: Active Site Architecture and Reaction Mechanism Determination of Cold Adapted beta-d-galactosidase fromArthrobactersp. 32cB. Authors: Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Wanarska, M. / Wierzbicka-Wos, A. / Cieslinski, H. #1: Journal: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / Year: 2019 Title: Structural features of cold-adapted dimeric GH2 beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cB. Authors: Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Bujacz, G. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sea.cif.gz | 412.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6sea.ent.gz | 334.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sea.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6sea_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6sea_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 6sea_validation.xml.gz | 41.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6sea_validation.cif.gz | 62.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6sea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6sea | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6se8C 6se9C 6sebC 6secC 6sedC 6etzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 109763.461 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E441Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter sp. 32cB (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A023UGN9, beta-galactosidase |
---|
-Sugars , 2 types, 3 molecules
#2: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose |
---|---|
#5: Sugar |
-Non-polymers , 3 types, 680 molecules
#3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.28 Å3/Da / Density % sol: 62.47 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 35% Tacsimate pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.869→46.889 Å / Num. obs: 116682 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.701 % / Biso Wilson estimate: 36.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.225 / Net I/σ(I): 13.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ETZ Resolution: 1.869→46.889 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.84
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 131.02 Å2 / Biso mean: 54.6431 Å2 / Biso min: 31.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.869→46.889 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|