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- PDB-1aj5: CALPAIN DOMAIN VI APO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aj5
タイトルCALPAIN DOMAIN VI APO
要素CALPAIN
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / CALCIUM-DEPENDENT PROTEASE / APO FORM / SMALL SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Degradation of the extracellular matrix / calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / protein catabolic process / calcium ion binding / protein-containing complex binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calpain small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cygler, M. / Grochulski, P. / Blanchard, H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of a calpain Ca(2+)-binding domain reveals a novel EF-hand and Ca(2+)-induced conformational changes.
著者: Blanchard, H. / Grochulski, P. / Li, Y. / Arthur, J.S. / Davies, P.L. / Elce, J.S. / Cygler, M.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Ca(2+)-Binding Domain Vi of Rat Calpain is a Homodimer in Solution: Hydrodynamic, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies
著者: Blanchard, H. / Li, Y. / Cygler, M. / Kay, C.M. / Arthur, J.S. / Davies, P.L. / Elce, J.S.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Active Recombinant Rat Calpain II. Bacterially Produced Large and Small Subunits Associate Both in Vivo and in Vitro
著者: Graham-Siegenthaler, K. / Gauthier, S. / Davies, P.L. / Elce, J.S.
履歴
登録1997年5月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年5月2日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALPAIN
B: CALPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0552
ポリマ－40,0552
非ポリマー00
水2,162120
1
A: CALPAIN

A: CALPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0552
ポリマ－40,0552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA, PQS
2
B: CALPAIN

B: CALPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0552
ポリマ－40,0552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3940 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.500, 73.000, 156.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.055906, -0.998257, -0.018923), (0.995796, 0.057125, -0.071606), (0.072562, -0.01484, 0.997253)
ベクター: 69.2975, -34.1384, -40.8175)
詳細THERE ARE TWO INDEPENDENT "PHYSIOLOGICAL" DIMERS OF THE SAME TYPE: AA' AND BB'. A AND A' ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY ALONG THE X AXIS. B AND B' ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY ALONG Y AXIS AND TRANSLATED BY VECTOR (1.0,0.0,0.5). THE DIMERS ARE RELATED BY THE NCS SYMMETRY.

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要素

#1: タンパク質 CALPAIN


分子量: 20027.633 Da / 分子数: 2
断片: SMALL REGULATORY SUBUNIT, DOMAIN VI, MET 87 - SER 270
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: BL21 (DE3) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: CAPN4 / 器官: LIVER / プラスミド: PT7-7F-21K / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q64537
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 38%SATURATED AMMONIUM SULFATE AND 25MM PIPES BUFFER, PH 6.8
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID一般名Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
21
31
41

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月24日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 17172 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / % possible all: 94
反射
*PLUS
Num. measured all: 80668
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.843モデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.843位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: NCS USED ONLY AT THE EARLY STAGE OF REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 1636 9.9 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 16470 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2810 0 0 120 2930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.081.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.532
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.612
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 258 9.9 %
Rwork0.28 2340 -
obs--92.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.23
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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