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- PDB-1ddk: CRYSTAL STRUCTURE OF IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ddk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE / BINUCLEAR METAL CENTER / ZN BETA-LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Concha, N.O. / Janson, C.A. / Rowling, P. / Pearson, S. / Cheever, C.A. / Clarke, B.P. / Lewis, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Payne, D.J. ...Concha, N.O. / Janson, C.A. / Rowling, P. / Pearson, S. / Cheever, C.A. / Clarke, B.P. / Lewis, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Payne, D.J. / Bateson, J.H. / Abdel-Meguid, S.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the IMP-1 metallo beta-lactamase from Pseudomonas aeruginosa and its complex with a mercaptocarboxylate inhibitor: binding determinants of a potent, broad-spectrum inhibitor.
著者: Concha, N.O. / Janson, C.A. / Rowling, P. / Pearson, S. / Cheever, C.A. / Clarke, B.P. / Lewis, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Payne, D.J. / Bateson, J.H. / Abdel-Meguid, S.S.
履歴
登録1999年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年6月24日Group: Data collection / Derived calculations
改定 1.42017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5264
ポリマ－24,3351
非ポリマー1913
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.300, 105.800, 112.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.99995, -0.0094, 0.0029), (-0.00933, 0.99966, 0.02423), (-0.00313, 0.0242, -0.9997)21.18934, 3.135, 56.24181
3generate(-0.99992, 0.00296, 0.0119), (-0.00303, -0.99998, -0.00525), (0.01188, -0.00528, 0.99992)16.96566, 29.75573, -0.4844
4generate(0.99988, 0.00967, 0.01236), (0.00949, -0.99985, 0.01465), (0.0125, -0.01453, -0.99982)3.12039, 32.94323, 56.37651

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要素

#1: タンパク質 IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE


分子量: 24334.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q932P5, UniProt: Q79MP6*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: drop contained 5 uL protein (14mg/mL in 20mM HEPES, pH 7.5) with 5 uL reservoir (0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 5.6). Crystal grew as plates after 2 weeks., pH 6.5, ...詳細: drop contained 5 uL protein (14mg/mL in 20mM HEPES, pH 7.5) with 5 uL reservoir (0.2M sodium acetate, 30% PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 5.6). Crystal grew as plates after 2 weeks., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
Temp details: 293-295
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 60 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.5
30.2 Msodium acetate1reservoir
430 %PEG40001reservoir
50.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS X1000 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 19288 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Num. unique all: 0 / % possible all: 56.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 31781 / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 3.19 Å / % possible obs: 56.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
CNS0.5精密化
FRAMBOデータ収集
XDSデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化解像度: 3.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 784186.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1898 9.9 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.255 19263 90.2 %-
all-0 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.13 Å2 / ksol: 0.294 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.64 Å20 Å2-2.41 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---7.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.74 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 6 1 1729
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.632.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 226 9.2 %
Rwork0.346 2221 -
obs--69.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ACE.PARACE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.383 / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor Rwork: 0.346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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