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万見
- PDB-1d1o: COOPERATIVITY IN EF-HAND CA2+-BINDING PROTEINS: EVIDENCE OF SITE-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d1o
タイトルCOOPERATIVITY IN EF-HAND CA2+-BINDING PROTEINS: EVIDENCE OF SITE-SITE COMMUNICATION FROM BINDING-INDUCED CHANGES IN STRUCTURE AND DYNAMICS OF N56A CALBINDIN D9K
要素CALBINDIN D9K
キーワードSIGNALING PROTEIN / EF-HAND / CALCIUM-BINDING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D binding / calcium-dependent protein binding / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Maler, L. / Blankenship, J. / Rance, M. / Chazin, W.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Site-site communication in the EF-hand Ca2+-binding protein calbindin D9k.
著者: Maler, L. / Blankenship, J. / Rance, M. / Chazin, W.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Solution structure of (cd2+)1-calbindin D9k reveals details of the stepwise structural changes along the apo-(Ca2+)1-(Ca2+)2 binding pathway.
著者: Akke, M. / Forsen, S. / Chazin, W.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: High resolution solution structure of calcium-loaded calbindin D9k.
著者: Kordel, J. / Skelton, N.J. / Akke, M. / Chazin, W.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Determination of the solution structure of apo calbindin D9k by NMR spectroscopy.
著者: Skelton, N.J. / Kordel, J. / Chazin, W.J.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Characterization of the N-terminal half-saturated state of calbindin D9k: NMR studies of the N56A mutant.
著者: Wimberly, B. / Thulin, E. / Chazin, W.J.
履歴
登録1999年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALBINDIN D9K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5021
ポリマ－8,5021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 50STRUCTURES WITH ACCEPTABLE MOLECULAR ENEGIES WERE ORDERED BY LEAST RESTRAINT VIOLATIONS. THE 24 BEST CONFORMERS WERE SELECTED TO FACILITATE COMPARISON TO PREVIOUS STRUCTURES OF THE PROTEIN AND BECAUSE THIS SURPASSES THE STATISTICAL REQUIREMENT TO REPRESENT ALL OF CONFORMATIONAL SPACE CONSISTENT WITH THE DATA.
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 CALBINDIN D9K


分子量: 8501.611 Da / 分子数: 1 / 断片: CALBINDIN D9K / 変異: P43M, N56A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02633

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2223D 15N-SEPARATED NOESY
232HSQC-J
NMR実験の詳細Text: 1H RESONANCE ASIGNMENTS WERE REPORTED IN THE PROTEIN SCIENCE PAPER BY WIMBERLY ET AL. A 3D 15N SPARATED TOCSY WAS RECORDED TO CONFIRM THESE ASSIGNMENTS AND ASSIGN THE 15N RESONANCES.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
14 MM N56A-CALBINDIN D9K
24 MM 15N-LABELED N56A-CALBINDIN D9K;
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
106AMBIENT 300 K
206AMBIENT 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix97MSI, SAN DIEGO, CA構造決定
DIANA2.8GUNTERT, BRAUN, BILLETER, WUTHRICH構造決定
Amber4.1PEARLMAN, CASE, CALDWELL, ROSS, CHEATHAM, FERGUSON, SEIBEL, SINGH, WEINER, KOLLMAN精密化
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: NMR REFINEMENT WAS BASED ON A TOTAL OF 910 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS AND 78 TORSION ANGLE CONSTRAINTS. SIMULATED ANNEALING CYCLE OF 20 PS HEATING TO 1200 K.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE MOLECULAR ENEGIES WERE ORDERED BY LEAST RESTRAINT VIOLATIONS. THE 24 BEST CONFORMERS WERE SELECTED TO FACILITATE COMPARISON TO ...コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE MOLECULAR ENEGIES WERE ORDERED BY LEAST RESTRAINT VIOLATIONS. THE 24 BEST CONFORMERS WERE SELECTED TO FACILITATE COMPARISON TO PREVIOUS STRUCTURES OF THE PROTEIN AND BECAUSE THIS SURPASSES THE STATISTICAL REQUIREMENT TO REPRESENT ALL OF CONFORMATIONAL SPACE CONSISTENT WITH THE DATA.
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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