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- PDB-1cjb: MALARIAL PURINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cjb
タイトルMALARIAL PURINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
要素PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / MALARIA / PURINE SALVAGE / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / TRANSITION STATE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage ...xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IRP / PYROPHOSPHATE 2- / Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shi, W. / Li, C.M. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Cahill, S.M. / Girvin, M.E. / Grubmeyer, C. / Schramm, V.L. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The 2.0 A structure of malarial purine phosphoribosyltransferase in complex with a transition-state analogue inhibitor.
著者: Shi, W. / Li, C.M. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Cahill, S.M. / Girvin, M.E. / Grubmeyer, C. / Schramm, V.L. / Almo, S.C.
履歴
登録1999年4月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年12月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
C: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
D: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,82920
ポリマ－105,5464
非ポリマー2,28316
水7,332407
1
A: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,82920
ポリマ－105,5464
非ポリマー2,28316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
手法PISA
2
C: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
D: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
D: PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,82920
ポリマ－105,5464
非ポリマー2,28316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.490, 110.390, 173.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99991, -0.01289, 0.00457), (0.00039, 0.30677, 0.95178), (-0.01367, 0.9517, -0.30674)94.15427, -44.42832, 61.70115
2given(0.35214, 0.548, -0.75874), (-0.00985, 0.8128, 0.58246), (0.93589, -0.19763, 0.29162)124.64395, -34.62596, 71.9466
3given(0.33369, -0.54476, 0.76934), (-0.00443, 0.8152, 0.57916), (-0.94267, -0.19667, 0.26961)53.3175, -44.92856, 75.24376

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE)


分子量: 26386.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20035, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-IRP / (1S)-1(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9YL)1,4-DIDEOXY-1,4-IMINO-D-RIBITOL-5-PHOSPHATE


分子量: 346.233 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N4O7P
#4: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115-20 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001reservoir
3100 mMHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 67609 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 45
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 32 / Rsym value: 0.1 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 286410 / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BZY

1bzy


解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 3367 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs-67148 98 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.219 Å20 Å20 Å2
2--16.69 Å20 Å2
3---16.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7333 0 136 407 7876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.291
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 418 5 %
Rwork0.266 7721 -
obs--96.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.279 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.266

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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