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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cjb | ||||||
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タイトル | MALARIAL PURINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | PROTEIN (HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MALARIA / PURINE SALVAGE / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / TRANSITION STATE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() xanthine phosphoribosyltransferase / xanthine phosphoribosyltransferase activity / XMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage ...xanthine phosphoribosyltransferase / xanthine phosphoribosyltransferase activity / XMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, W. / Li, C.M. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Cahill, S.M. / Girvin, M.E. / Grubmeyer, C. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 2.0 A structure of malarial purine phosphoribosyltransferase in complex with a transition-state analogue inhibitor. 著者: Shi, W. / Li, C.M. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Cahill, S.M. / Girvin, M.E. / Grubmeyer, C. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 605.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 638 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1bzyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26386.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P20035, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-IRP / ( #4: 化合物 | ChemComp-POP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 67609 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 45 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 32 / Rsym value: 0.1 / % possible all: 98.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 286410 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BZY 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.279 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.266 |