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- PDB-1qk4: TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qk4
タイトルTOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE IMP COMPLEX
要素HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / PURINE SALVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage ...xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Borhani, D.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal Structures of the Toxoplasma Gondii Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Gmp and -Imp Complexes: Comparison of Purine Binding Interactions with the Xmp Complex
著者: Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Borhani, D.W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Toxoplasma Gondii Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase with Xmp, Pyrophosphate and Two Mg2+ Ions Bound: Insights Into the Catalytic Mechanism
著者: Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Davis, R.L. / Borhani, D.W.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 1994
タイトル: Isolation and Sequencing of a Cdna Encoding the Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase from Toxoplasma Gondii
著者: Vasanthakumar, G. / Van Ginkel, S. / Parish, G.
履歴
登録1999年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
C: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
D: HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2158
ポリマ－106,8224
非ポリマー1,3934
水8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12100 Å2
ΔGint-30.8 kcal/mol
Surface area41340 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.537, 102.445, 108.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.089903, 0.514649, 0.852674), (0.525761, -0.702602, 0.479505), (0.845868, 0.491412, -0.207416)-4.3384, 0.3932, 4.5032
2given(0.078719, -0.354548, -0.931718), (-0.350188, -0.884891, 0.307142), (-0.933366, 0.302099, -0.193817)3.7862, 1.1351, 4.0957
3given(-0.982847, -0.161874, 0.088365), (-0.167769, 0.585808, -0.792895), (0.076584, -0.794119, -0.602918)-0.6762, 3.7328, 7.4582
詳細THE BIOMOLECULE CONSISTS OF A HOMO- TETRAMERIC COMPLEXOF BIOPOLYMERS

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要素

#1: タンパク質
HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / HGPRTASE


分子量: 26705.502 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
株: RH / プラスミド: PETC1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q26997, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 100 MM TRIS (PH 8.5), 200 MM LI2SO4, 0.25 % BETA-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE 1 MM IMP, 277 K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-20 mg/mlprotein1drop
21 mMIMP1drop
330 %PEG40001reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir
5200 mM1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: PT-COATED MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→12.5 Å / Num. obs: 74791 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.863 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 305699 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.383

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QK3, SUBUNIT A, WITHOUT LOOPS, WATERS, OR GMP

1qk3


解像度: 1.9→12.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16026 / ESU R Free: 0.15181
詳細: X-PLOR WAS USED IN THE EARLY STAGES OF REFINEMENT. REFMAC AND ARP WERE USED TO FINISH THE REFINEMENT, USING THE X-PLOR-CALCULATED BULK SOLVENT CORRECTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 3778 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs-70933 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7079 0 92 485 7656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.7773
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2662
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.563
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.01180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1420.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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