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万見
- PDB-1l8p: Mg-phosphonoacetohydroxamate complex of S39A yeast enolase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l8p
タイトルMg-phosphonoacetohydroxamate complex of S39A yeast enolase 1
要素enolase 1
キーワードLYASE / Beta Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Glycolysis / melatonin binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / fungal-type vacuole / glycolytic process / magnesium ion binding ...Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Glycolysis / melatonin binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / fungal-type vacuole / glycolytic process / magnesium ion binding / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHONOACETOHYDROXAMIC ACID / Enolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Poyner, R.R. / Larsen, T.M. / Wong, S.W. / Reed, G.H.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2002
タイトル: Functional and structural changes due to a serine to alanine mutation in the active-site flap of enolase.
著者: Poyner, R.R. / Larsen, T.M. / Wong, S.W. / Reed, G.H.
履歴
登録2002年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: enolase 1
B: enolase 1
C: enolase 1
D: enolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,68216
ポリマ－186,8674
非ポリマー81512
水25,7971432
1
A: enolase 1
B: enolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8418
ポリマ－93,4342
非ポリマー4076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area28970 Å2
手法PISA
2
C: enolase 1
D: enolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8418
ポリマ－93,4342
非ポリマー4076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area29010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.200, 164.100, 84.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
enolase 1 / 2-phosphoglycerate dehydratase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase


分子量: 46716.797 Da / 分子数: 4 / 変異: S39A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: eno1 / プラスミド: pET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00924, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PAH / PHOSPHONOACETOHYDROXAMIC ACID / ホスホノアセトヒドロキサム酸


分子量: 155.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6NO5P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, Potassium Chloride, HEPPs, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
手法: batch method / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
114 mg/mlprotein11
20.26 M11KCl
35 mM11MgCl2
44 mMPhAH11
550 mMHEPPS-KOH11pH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月13日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 97095 / Num. obs: 97095 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.031
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 266980 / Rmerge(I) obs: 0.031
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 91934 -RANDOM
Rwork0.1808 ---
all-96792 --
obs-96792 96.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13160 0 44 1432 14636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0056
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.181 / Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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