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- PDB-1cgd: HYDRATION STRUCTURE OF A COLLAGEN PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cgd
タイトルHYDRATION STRUCTURE OF A COLLAGEN PEPTIDE
要素COLLAGEN-LIKE PEPTIDE
キーワードCOLLAGEN / COLLAGEN HYDRATION / HYDROXYPROLINE / CONNECTIVE TISSUE / EXTRACELLULAR MATRIX
機能・相同性ACETIC ACID
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bella, J. / Brodsky, B. / Berman, H.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Hydration structure of a collagen peptide.
著者: Bella, J. / Brodsky, B. / Berman, H.M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Crystal and Molecular Structure of a Collagen-Like Peptide at 1.9 A Resolution
著者: Bella, J. / Eaton, M. / Brodsky, B. / Berman, H.M.
履歴
登録1995年6月9日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE
B: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE
C: COLLAGEN-LIKE PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,53510
ポリマ－8,1153
非ポリマー4207
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area5090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.460, 14.057, 25.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド COLLAGEN-LIKE PEPTIDE / (PRO-HYP-GLY)4 PRO-HYP-ALA (PRO-HYP-GLY)5


分子量: 2704.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYDRATION ANALYSIS
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HYDROGEN BONDS BETWEEN PEPTIDE CHAINS FOLLOW THE RICH AND CRICK MODEL II FOR COLLAGEN. AT THE ...HYDROGEN BONDS BETWEEN PEPTIDE CHAINS FOLLOW THE RICH AND CRICK MODEL II FOR COLLAGEN. AT THE ALANINE SUBSTITUTION FOUR INTERSTITIAL WATER MOLECULES INTERCONNECT THE PEPTIDE CHAINS THROUGH GLY - H2O - PRO HYDROGEN-BONDED BRIDGES.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.73 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bella, J., (1994) Science, 266, 75.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.0-6.0 mg/mlpeptide1drop
210 %acetic acid1drop
39.5 %PEG4001drop
40.1 %sodium azide1drop
519 %PEG4001reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→86.7 Å / Num. obs: 5595 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
MOLENデータ削減
精密化解像度: 1.85→12.5 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.172 --
obs0.172 4020 72.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数576 0 28 141 745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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