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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cgd | ||||||
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タイトル | HYDRATION STRUCTURE OF A COLLAGEN PEPTIDE | ||||||
要素 | COLLAGEN-LIKE PEPTIDE | ||||||
キーワード | COLLAGEN (コラーゲン) / COLLAGEN HYDRATION / HYDROXYPROLINE (ヒドロキシプロリン) / CONNECTIVE TISSUE (結合組織) / EXTRACELLULAR MATRIX (細胞外マトリックス) | ||||||
機能・相同性 | 酢酸 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Bella, J. / Brodsky, B. / Berman, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Hydration structure of a collagen peptide. 著者: Bella, J. / Brodsky, B. / Berman, H.M. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Crystal and Molecular Structure of a Collagen-Like Peptide at 1.9 A Resolution 著者: Bella, J. / Eaton, M. / Brodsky, B. / Berman, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cgd.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cgd.ent.gz | 22.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cgd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2704.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYDRATION ANALYSIS #2: 化合物 | ChemComp-ACY / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | HYDROGEN BONDS BETWEEN PEPTIDE CHAINS FOLLOW THE RICH AND CRICK MODEL II FOR COLLAGEN. AT THE ...HYDROGEN BONDS BETWEEN PEPTIDE CHAINS FOLLOW THE RICH AND CRICK MODEL II FOR COLLAGEN. AT THE ALANINE SUBSTITUTI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bella, J., (1994) Science, 266, 75. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→86.7 Å / Num. obs: 5595 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→12.5 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→12.5 Å
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拘束条件 |
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