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- PDB-1ccm: DIRECT NOE REFINEMENT OF CRAMBIN FROM 2D NMR DATA USING A SLOW-CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ccm
タイトルDIRECT NOE REFINEMENT OF CRAMBIN FROM 2D NMR DATA USING A SLOW-COOLING ANNEALING PROTOCOL
要素CRAMBIN
キーワードPLANT SEED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法溶液NMR
データ登録者Bonvin, A.M.J.J. / Rullmann, J.A.C. / Lamerichs, R.M.J.N. / Boelens, R. / Kaptein, R.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: "Ensemble" iterative relaxation matrix approach: a new NMR refinement protocol applied to the solution structure of crambin.
著者: Bonvin, A.M. / Rullmann, J.A. / Lamerichs, R.M. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: "Ensemble" Iterative Relaxation Matrix Approach: A New NMR Refinement Protocol Applied to the Solution Structure of Crambin
著者: Bonvin, A.M.J.J. / Rullmann, J.A.C. / Lamerichs, R.M.J.N. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#2: ジャーナル: COMPUTATION OF BIOMOLECULAR STRUCTURES; ACHIEVEMENTS PROBLEMS, AND PERSPECTIVES
年: 1992
タイトル: Structure Determination by NMR-Application to Crambin
著者: Rullmann, J.A.C. / Bonvin, A.M.J.J. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#3: ジャーナル: Thesis / 年: 1989
タイトル: 2D NMR Studies of Biomolecules: Protein Structure and Protein-DNA Interactions
著者: Lamerichs, R.M.J.M.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1988
タイトル: Secondary Structure and Hydrogen Bonding of Crambin in Solution
著者: Lamerichs, R.M.J.N. / Berliner, L.J. / Boelens, R. / Demarco, A. / Llinas, M. / Kaptein, R.
#5: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1987
タイトル: 1H NMR Characterization of Two Crambin Species
著者: Vermeulen, J.A.W.H. / Lamerichs, R.M.J.M. / Berliner, L.J. / Demarco, A. / Llinas, M. / Boelens, R. / Alleman, J. / Kaptein, R.
履歴
登録1993年4月14日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRAMBIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7381
ポリマ－4,7381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: ARG 17 - LEU 18 OMEGA ANGLE = 147.581 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION IN MODEL 7
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド CRAMBIN


分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
生物種: Crambe hispanica / 株: subsp. abyssinica / 参照: UniProt: P01542
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software名称: GROMOS / 開発者: VAN GUNSTEREN,BERENDSEN / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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