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- PDB-1c8m: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c8m
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 COMPLEXED WITH VP63843 (PLECONARIL), AN ANTI-PICORNAVIRAL DRUG CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS
要素(HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT ...) x 4
キーワードVIRUS / RHINOVIRUS COAT PROTEIN / HUMAN RHINOVIRUS 16 / ANTIVIRAL COMPOUND / DRUG / WIN COMPOUND / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W11 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chakravarty, S. / Bator, C.M. / Pevear, D.C. / Diana, G.D. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: THE REFINED STRUCTURE OF A PICORNAVIRUS INHIBITOR CURRENTLY IN CLINICAL TRIALS, WHEN COMPLEXED WITH HUMAN RHINOVIRUS 16
著者: CHAKRAVARTY, S. / BATOR, C.M. / PEVEAR, D.C. / DIANA, G.D. / ROSSMANN, M.G.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: ANALYSIS OF THREE STRUCTURALLY RELATED ANTIVIRAL COMPOUNDS IN COMPLEX WITH HUMAN RHINOVIRUS 16
著者: Hadfield, A.T. / Minor, I. / Diana, G.D. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Refined Structure of Human Rhinovirus 16 at 2.15 A Resolution: Implications for the Viral Life Cycle
著者: Hadfield, A.T. / Lee, W.M. / Zhao, R. / Oliveira, M.A. / Minor, I. / Rueckert, R.R. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: The Structure of Human Rhinovirus 16
著者: Oliveira, M.A. / Zhao, R. / Lee, W.M. / Kremer, M.J. / Minor, I. / Rueckert, R.R. / Diana, G.D. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / McKinlay, M.A. / Rossmann, M.G.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Structure of a Human Rhinovirus Complexed with its Receptor Molecule
著者: Olson, N.H. / Kolatkar, P.R. / Oliveira, M.A. / Cheng, R.H. / Greve, J.M. / McClelland, A. / Baker, T.S. / Rossmann, M.G.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: A Comparison of the Anti-Rhinoviral Drug Binding Pocket in HRV14 and HRV1A
著者: Kim, K.H. / Willingmann, P. / Gong, Z.X. / Kremer, M.J. / Chapman, M.S. / Minor, I. / Oliveira, M.A. / Rossmann, M.G. / Andries, K. / Diana, G.D. / Dutko, F.J. / McKinlay, M.A. / Pevear, D.C.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Human Rhinovirus Serotype 1A (HRV1A)
著者: Kim, S.S. / Smith, T.J. / Chapman, M.S. / Rossmann, M.G. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / Felock, P.J. / Diana, G.D. / McKinlay, M.A.
#7: ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: The Site of Attachment in Human Rhinovirus 14 for Antiviral Agents that Inhibit Uncoating
著者: Smith, T.J. / Kremer, M.J. / Luo, M. / Vriend, G. / Arnold, E. / Kamer, G. / Rossmann, M.G. / McKinlay, M.A. / Diana, G.D. / Otto, M.J.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
履歴
登録2000年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年2月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年3月15日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_remark
改定 2.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6276
ポリマ－95,1804
非ポリマー4472
水8,683482
1
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,737,616360
ポリマ－5,710,811240
非ポリマー26,805120
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 478 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,13530
ポリマ－475,90120
非ポリマー2,23410
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 574 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,76236
ポリマ－571,08124
非ポリマー2,68112
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
2: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
3: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
4: HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.87 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,868,808180
ポリマ－2,855,405120
非ポリマー13,40360
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)360.30, 343.33, 332.63
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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16generate(-0.99785893, -0.06540313), (-0.06540313, 0.0652631, -0.99572242), (0.99785892, 0.00427757, -0.0652631)90.0901, 5.89217, -89.89721
17generate(-0.30901699, -0.83998639, 0.44601722), (0.77458326, -0.49440059, -0.39444749), (0.5518417, 0.22358649, 0.80341758)117.92947, -69.78228, -49.71547
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21generate(0.80901699, 0.51914014, -0.27565379), (0.47871878, -0.30983393, 0.82148113), (0.34105693, -0.79655285, -0.49918306)17.20568, -43.12782, -30.72585
22generate(0.80901699, 0.47871879, 0.34105692), (-0.51914014, 0.30983393, 0.79655284), (0.2756538, -0.82148114, 0.49918305)17.20568, 46.76939, -24.83368
23generate(0.30901699, 0.77458326, 0.5518417), (-0.77458326, 0.54165665, -0.32654071), (-0.5518417, -0.32654071, 0.76736033)62.25073, 69.78228, 49.71547
24generate(0.99785893, 0.06540313), (0.06540313, 0.0652631, -0.99572242), (-0.99785892, 0.00427757, -0.0652631)90.0901, -5.89217, 89.89721
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30generate(-0.80901699, 0.47871879, 0.34105692), (0.47871878, 0.19995846, 0.85489469), (0.34105693, 0.8548947, -0.39094146)162.97452, -43.12782, -30.72585

-
要素

-
HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN / HRV16


分子量: 32501.375 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 569-853 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / 株: SEROTYPE 16 / 参照: UniProt: Q82122
#2: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN / HRV16


分子量: 28096.652 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 79-330 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / 株: SEROTYPE 16 / 参照: UniProt: Q82122
#3: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN / HRV16


分子量: 26314.168 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 331-568 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / 株: SEROTYPE 16 / 参照: UniProt: Q82122
#4: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN / HRV16


分子量: 8267.987 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-78 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 16 (ライノウイルス)
属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / 株: SEROTYPE 16 / 参照: UniProt: Q82122

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非ポリマー , 3種, 484分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-W11 / 3-{3,5-DIMETHYL-4-[3-(3-METHYL-ISOXAZOL-5-YL)-PROPOXY]-PHENYL}-5-TRIFLUOROMETHYL-[1,2,4]OXADIAZOLE / WIN63843 / プレコナリル


分子量: 381.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18F3N3O3 / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000, HEPES BUFFER, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンCHESS F110.923
シンクロトロンAPS 14-BM-C21.0375
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9231
21.03751
反射解像度: 2.56→70 Å / Num. all: 1155100 / Num. obs: 968275 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.29 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique all: 62011 / % possible all: 58.85

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SnB位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AYM

1aym


解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
詳細: used both observed structure factors and density averaged phases in refinement target function
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 70099 10 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.262 801161 --
obs0.243 731062 92.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6311 0 28 482 6821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
Refine LS restraints NCSNCS model details: 30-FOLD, STRICT
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 4743 10 %
Rwork0.29 43065 -
obs--95.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WINPAR.AHHRV16TOP.AH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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