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- PDB-1z7s: The crystal structure of coxsackievirus A21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z7s
タイトルThe crystal structure of coxsackievirus A21
要素(Human COXSACKIEVIRUS ...) x 4
キーワードVIRUS / PICORNAVIRUS / Coxsackievirus / A21 / Capsid Protein / Viral Protein / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / MYRISTIC ACID / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Xiao, C. / Bator-Kelly, C.M. / Rieder, E. / Chipman, P.R. / Craig, A. / Kuhn, R.J. / Wimmer, E. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of coxsackievirus A21 and its interaction with ICAM-1.
著者: Chuan Xiao / Carol M Bator-Kelly / Elizabeth Rieder / Paul R Chipman / Alister Craig / Richard J Kuhn / Eckard Wimmer / Michael G Rossmann /
要旨: CVA21 and polioviruses both belong to the Enterovirus genus in the family of Picornaviridae, whereas rhinoviruses form a distinct picornavirus genus. Nevertheless, CVA21 and the major group of human ...CVA21 and polioviruses both belong to the Enterovirus genus in the family of Picornaviridae, whereas rhinoviruses form a distinct picornavirus genus. Nevertheless, CVA21 and the major group of human rhinoviruses recognize intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) as their cellular receptor, whereas polioviruses use poliovirus receptor. The crystal structure of CVA21 has been determined to 3.2 A resolution. Its structure has greater similarity to poliovirus structures than to other known picornavirus structures. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to determine an 8.0 A resolution structure of CVA21 complexed with an ICAM-1 variant, ICAM-1(Kilifi). The cryo-EM map was fitted with the crystal structures of ICAM-1 and CVA21. Significant differences in the structure of CVA21 with respect to the poliovirus structures account for the inability of ICAM-1 to bind polioviruses. The interface between CVA21 and ICAM-1 has shape and electrostatic complementarity with many residues being conserved among those CVAs that bind ICAM-1.
履歴
登録2005年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年10月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
Remark 600 HETEROGEN THE N-TERMINAL OF VP4 (CHAIN 4) IS MYRISTYLATED WHICH MEANS THE MYR IS COVALENTLY LINKED ... HETEROGEN THE N-TERMINAL OF VP4 (CHAIN 4) IS MYRISTYLATED WHICH MEANS THE MYR IS COVALENTLY LINKED TO THE GLY OF VP4. THEREFORE, THE O2 ATOM ON MYR IS EXPECTED TO BE MISSING AFTER MYRISTYLATED.
Remark 999SEQUENCE THE COMPLETE GENOME SEQUENCE FOR HUMAN COXSACKIEVIRUS A21 IS AVAILABLE AT GENBANK WITH ...SEQUENCE THE COMPLETE GENOME SEQUENCE FOR HUMAN COXSACKIEVIRUS A21 IS AVAILABLE AT GENBANK WITH ACCESSION CODE AF546702 (GI:3304568). THE INDEX OF THIS VIRUS IS 00.052.0.01.005.01.021 WHICH IS AVAILABLE AT ICTVDB: HTTP://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/ICTVDB/ICTV/INDEX.HTM.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Human COXSACKIEVIRUS A21
2: Human COXSACKIEVIRUS A21
3: Human coxsackievirus A21
4: Human coxsackievirus A21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9228
ポリマ－97,0624
非ポリマー8604
水95553
1
1: Human COXSACKIEVIRUS A21
2: Human COXSACKIEVIRUS A21
3: Human coxsackievirus A21
4: Human coxsackievirus A21
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,875,347480
ポリマ－5,823,745240
非ポリマー51,602240
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Human COXSACKIEVIRUS A21
2: Human COXSACKIEVIRUS A21
3: Human coxsackievirus A21
4: Human coxsackievirus A21
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 490 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,61240
ポリマ－485,31220
非ポリマー4,30020
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: Human COXSACKIEVIRUS A21
2: Human COXSACKIEVIRUS A21
3: Human coxsackievirus A21
4: Human coxsackievirus A21
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 588 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)587,53548
ポリマ－582,37424
非ポリマー5,16024
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: Human COXSACKIEVIRUS A21
2: Human COXSACKIEVIRUS A21
3: Human coxsackievirus A21
4: Human coxsackievirus A21
ヘテロ分子
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 490 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,61240
ポリマ－485,31220
非ポリマー4,30020
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)348.014, 348.014, 348.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)
3generate(-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)
4generate(-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5)
5generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)

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要素

-
Human COXSACKIEVIRUS ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 Human COXSACKIEVIRUS A21


分子量: 33264.262 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: the nature host of this virus is human
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: Kuykendall / 参照: UniProt: Q71LY2, UniProt: P22055*PLUS
#2: タンパク質 Human COXSACKIEVIRUS A21


分子量: 29918.537 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: the nature host of this virus is human
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: Kuykendall / 参照: UniProt: Q71LY2, UniProt: P22055*PLUS
#3: タンパク質 Human coxsackievirus A21


分子量: 26568.689 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: the nature host of this virus is human
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: Kuykendall / 参照: UniProt: Q71LY2, UniProt: P22055*PLUS
#4: タンパク質 Human coxsackievirus A21


分子量: 7310.922 Da / 分子数: 1 / 断片: Viral Protein 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: the nature host of this virus is human
由来: (天然) Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
属: Enterovirus / 細胞株: Hela / 生物種: Human enterovirus C / 株: Kuykendall / 参照: UniProt: Q71LY2, UniProt: P22055*PLUS

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非ポリマー , 4種, 57分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#7: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.551.2
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.4sodium chloride, citrate, glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.4sodium chloride, citrate, glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 110120 / Num. obs: 106927 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 0.119
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SnBOF DPS SUITE位相決定
ENVELOPE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→49.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 17050733.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 11161 10 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.225 ---
obs0.224 111200 94.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.6012 Å2 / ksol: 3.60356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6672 0 40 53 6765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.82.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 1666 9.8 %
Rwork0.326 15257 -
obs--87.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMCARBOHYDRATE.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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