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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c1n | |||||||||
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タイトル | RECRUITING ZINC TO MEDIATE POTENT, SPECIFIC INHIBITION OF SERINE PROTEASES | |||||||||
![]() | TRYPSIN | |||||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ZN(II)-MEDIATED SERINE PROTEASE INHIBITORS / PH DEPENDENCE / ZN(II) AFFINITY STUCTURE-BASED DRUG DESIGN / SERINE PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Katz, B.A. / Luong, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Design of potent selective zinc-mediated serine protease inhibitors. 著者: Katz, B.A. / Clark, J.M. / Finer-Moore, J.S. / Jenkins, T.E. / Johnson, C.R. / Ross, M.J. / Luong, C. / Moore, W.R. / Stroud, R.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1c1oC ![]() 1c1pC ![]() 1c1qC ![]() 1c1rC ![]() 1c1tC ![]() 1c1uC ![]() 1c1vC ![]() 1c1wC ![]() 1c2dC ![]() 1c2eC ![]() 1c2fC ![]() 1c2gC ![]() 1c2hC ![]() 1c2iC ![]() 1c2jC ![]() 1c2kC ![]() 1c2lC ![]() 1c2mC ![]() 1xufC ![]() 1xugC ![]() 1xuhC ![]() 1xuiC ![]() 1xujC ![]() 1xukC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMPLEXED WITH BENZAMIDINE / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 215分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/BEN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/BEN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-BEN / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | HIS91 IS MONOPROTONATED ON THE EPSILON NITROGEN. HIS40 IS DIPROTONATED. HIS57 HAS A MONOPROTONATED ...HIS91 IS MONOPROTON |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 18 % |
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結晶化 | pH: 5.11 詳細: TRYPSIN-BENZAMIDINE, P3(1) 2 1 WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, AS DESCRIBED FOR P2(1) 2(1) 2(1) (LARGE CELL) (MANGEL, ET AL., BIOCHEMISTRY 29, 8351-8357, 1990) THE CRYSTAL WAS SOAKED FOR 10 ...詳細: TRYPSIN-BENZAMIDINE, P3(1) 2 1 WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, AS DESCRIBED FOR P2(1) 2(1) 2(1) (LARGE CELL) (MANGEL, ET AL., BIOCHEMISTRY 29, 8351-8357, 1990) THE CRYSTAL WAS SOAKED FOR 10 DAYS IN A CHLORIDE-FREE SOLUTION OF 1.02 M MGSO4 . 7 H2O,1.62 M ZNSO4 . 7 H2O, 0.50 M ZINC ACETATE DIHYDRATE, PH 5.11. THE SOAKING SOLUTION WAS PERIODICALLY REPLACED. |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月10日 / 詳細: MSC MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→35.84 Å / Num. obs: 34513 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 42 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.4→7.5 Å / 交差検証法: X-PLOR / σ(F): 2.2 詳細: BULK SOLVENT TERMS INCLUDED IN FOB FILE CREATED WITH STANDARD X-PLOR SCRIPT.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→7.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.46 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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