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- PDB-1c07: STRUCTURE OF THE THIRD EPS15 HOMOLOGY DOMAIN OF HUMAN EPS15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c07
タイトルSTRUCTURE OF THE THIRD EPS15 HOMOLOGY DOMAIN OF HUMAN EPS15
要素PROTEIN (EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR PATHWAY SUBSTRATE 15)
キーワードSIGNALING PROTEIN / CALCIUM BINDING / SIGNALING DOMAIN / NPF BINDING / FW BINDING / EF-HAND / EH DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endocytic zone / Golgi to endosome transport / clathrin coat of coated pit / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / vesicle organization / endocytic recycling / aggresome / endosomal transport / positive regulation of receptor recycling ...postsynaptic endocytic zone / Golgi to endosome transport / clathrin coat of coated pit / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / clathrin coat assembly / vesicle organization / endocytic recycling / aggresome / endosomal transport / positive regulation of receptor recycling / polyubiquitin modification-dependent protein binding / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / basal plasma membrane / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / SH3 domain binding / endocytosis / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell population proliferation / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / cadherin binding / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor substrate 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Enmon, J.L. / De Beer, T. / Overduin, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Solution structure of Eps15's third EH domain reveals coincident Phe-Trp and Asn-Pro-Phe binding sites.
著者: Enmon, J.L. / de Beer, T. / Overduin, M.
履歴
登録1999年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR PATHWAY SUBSTRATE 15)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6662
ポリマ－10,6261
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50STRUCTURES WITH THE LOWEST NOE ENERGY
代表モデルモデル #8

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR PATHWAY SUBSTRATE 15)


分子量: 10626.384 Da / 分子数: 1 / 断片: EPS15 HOMOLOGY (EH) DOMAIN 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P42566
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1213D 13C-SEPARATED NOESY
1314D 13C/15N-SEPARATED NOESY
1414D 13C-SEPARATED NOESY
151HNHA
161HMQC-J
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE- RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細内容: 0.5-1MM EH3; 20MM D-TRIS, 100MM KCL, 2MM CACL2, 2MM NAN3, 0.1MM D-DTT; 95% H2O, 5% D2O
試料状態イオン強度: 100mM KCL, 2mM CACL2, 2mM NAN3 / pH: 7.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
X-PLOR3.84構造決定
X-PLOR3.84精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LOWEST NOE ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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