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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bzs | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MMP8 COMPLEXED WITH HMR2909 | ||||||
要素 | NEUTROPHIL COLLAGENASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / METALLO PROTEINASE / HYDROXAMATE / MATRIX DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / tertiary granule lumen / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Schreuder, H. / Brachvogel, V. / Loenze, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 タイトル: Quantitative structure-activity relationship of human neutrophil collagenase (MMP-8) inhibitors using comparative molecular field analysis and X-ray structure analysis. 著者: Matter, H. / Schwab, W. / Barbier, D. / Billen, G. / Haase, B. / Neises, B. / Schudok, M. / Thorwart, W. / Schreuder, H. / Brachvogel, V. / Lonze, P. / Weithmann, K.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bzs.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bzs.ent.gz | 36.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bzs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bzs_validation.pdf.gz | 710.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bzs_full_validation.pdf.gz | 711.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bzs_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bzs_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bzs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1janS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18374.008 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22894, neutrophil collagenase |
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-非ポリマー , 5種, 214分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BSI / | #5: 化合物 | ChemComp-EPE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML MMP8 IN 25 MM MES, 100 MM NACL, 20 MM CACL2, 0.1 MM ZNCL2, PH 6.0, WITH THREEFOLD EXCESS INHIBITOR IN DMF ADDED. RESERVOIR SOLUTION: 10-25% (W/W) PEG6000. CRYSTALS ...詳細: PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML MMP8 IN 25 MM MES, 100 MM NACL, 20 MM CACL2, 0.1 MM ZNCL2, PH 6.0, WITH THREEFOLD EXCESS INHIBITOR IN DMF ADDED. RESERVOIR SOLUTION: 10-25% (W/W) PEG6000. CRYSTALS APPEAR IN ABOUT 1 WEEK., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月29日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 18344 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 4.8 / Net I/σ(I): 26.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→2 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 17.2 / Rsym value: 9.6 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 129143 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JAN 解像度: 1.7→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 13.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rfactor Rwork: 0.273 |