ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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PHASER | 2.1.4位相決定 | | REFMAC | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3IDO 解像度: 1.8→42.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.197 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 5.859 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.037 / SU Rfree: 0.033 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.249 | 644 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.204 | - | - | - |
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obs | 0.206 | 12911 | 96.12 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 41.75 Å2 / Biso mean: 13.914 Å2 / Biso min: 3.42 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.03 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 3.03 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -6.06 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.64 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1235 | 0 | 5 | 144 | 1384 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.012 | 0.022 | 1293 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.273 | 1.967 | 1749 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.272 | 5 | 164 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg30.639 | 24.839 | 62 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg15.1 | 15 | 239 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg14.868 | 15 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.098 | 0.2 | 193 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.006 | 0.021 | 976 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.761 | 1.5 | 794 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.422 | 2 | 1289 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.115 | 3 | 499 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it3.249 | 4.5 | 456 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.361 | 41 | - |
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Rwork | 0.26 | 874 | - |
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all | - | 915 | - |
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obs | - | - | 97.55 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.8082 | 0.39 | -0.0699 | 0.9054 | -0.3937 | 1.3435 | -0.0116 | -0.0374 | 0.0027 | -0.0525 | 0.0701 | -0.0213 | -0.0863 | -0.0532 | -0.0585 | 0.0216 | 0.0024 | -0.0015 | 0.0327 | -0.0045 | 0.0216 | -4.1394 | 20.3012 | -20.0429 | 2 | 0.6787 | 0.7609 | 0.1075 | 2.5898 | 0.9593 | 4.5801 | 0.0996 | -0.0588 | 0.1486 | -0.064 | -0.1056 | 0.024 | -0.3252 | 0.0957 | 0.006 | 0.051 | -0.0109 | 0.0346 | 0.0149 | -0.0125 | 0.0561 | 5.7989 | 28.2976 | -22.3694 | 3 | 0.5328 | -0.0729 | -0.4386 | 1.0171 | -0.7351 | 2.0241 | 0.0129 | -0.0415 | -0.0331 | -0.0261 | 0.0097 | -0.0209 | 0.1814 | -0.0073 | -0.0226 | 0.0303 | -0.0095 | -0.0088 | 0.0245 | -0.017 | 0.034 | -1.3527 | 11.6298 | -12.7157 | 4 | 5.03 | 2.3278 | -1.4434 | 1.3513 | -0.8852 | 1.1931 | -0.1812 | 0.0924 | -0.1969 | -0.2596 | 0.053 | -0.1282 | 0.2384 | -0.045 | 0.1282 | 0.1271 | -0.0071 | 0.0278 | 0.0092 | -0.0112 | 0.0245 | -1.0662 | 12.1749 | -26.5896 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A1 - 44 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | A45 - 67 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | A68 - 125 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | A128 - 157 | | | | |
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