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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bz7 | ||||||
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タイトル | FAB FRAGMENT FROM MURINE ASCITES | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY (FAB FRAGMENT) | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kaminski, M.J. / Mackenzie, C.R. / Mooibroek, M.J. / Dahms, T.E.S. / Hirama, T. / Houghton, A.N. / Chapman, P.B. / Evans, S.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: The role of homophilic binding in anti-tumor antibody R24 recognition of molecular surfaces. Demonstration of an intermolecular beta-sheet interaction between vh domains. 著者: Kaminski, M.J. / MacKenzie, C.R. / Mooibroek, M.J. / Dahms, T.E. / Hirama, T. / Houghton, A.N. / Chapman, P.B. / Evans, S.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bz7.cif.gz | 91 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bz7.ent.gz | 70.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bz7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bz7_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bz7_full_validation.pdf.gz | 449.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bz7_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bz7_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bz7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22715.277 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23018.723 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→6 Å / Num. obs: 18143 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.05 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 79380 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |