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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bvy | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF THE HEME AND FMN-BINDING DOMAINS OF THE CYTOCHROME P450(BM-3) | ||||||
![]() | (PROTEIN (CYTOCHROME P450 BM- ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FATTY ACID MONOOXYGENASE / HEMOPROTEIN / FLAVOPROTEIN / ELECTRON TRANSFER | ||||||
機能・相同性 | ![]() NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevrioukova, I.F. / Li, H. / Zhang, H. / Peterson, J.A. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a cytochrome P450-redox partner electron-transfer complex. 著者: Sevrioukova, I.F. / Li, H. / Zhang, H. / Peterson, J.A. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999966, -0.006037, 0.005567), ベクター: |
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要素
-PROTEIN (CYTOCHROME P450 BM- ... , 2種, 3分子 ABF
#1: タンパク質 | 分子量: 52396.723 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: SYNTHETIC GENE; / プラスミド: PPROEX / 細胞株 (発現宿主): DH5AF'IQ / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 20800.676 Da / 分子数: 1 / 断片: FMN-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PPROEX / 細胞株 (発現宿主): DH5AF'IQ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 955分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-FMN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: LIQUID-LIQUID FREE INTERFACE DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE IN PEG 8000, PIPES PH 6.8, NH4CL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: free interface diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: YES |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 63363 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 69.9 |
反射 | *PLUS % possible obs: 83 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: MOLECULE A OF P450(BM3) HEME DOMAIN AND FALVODOXIN(PDB ENDRY 3FX2) 解像度: 2.03→10 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 58243 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.187 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |