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- PDB-5na8: Structure of DPP III from Bacteroides thetaiotaomicron in closed form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5na8
タイトルStructure of DPP III from Bacteroides thetaiotaomicron in closed form
要素Putative dipeptidyl-peptidase III
キーワードHYDROLASE / Bacteroides thetaiotaomicron / Metallopeptidase / Dipeptidyl peptidase III / Zinc-Hydrolase / closed form
機能・相同性Peptidase family M49 / Peptidase family M49 / hydrolase activity / metal ion binding / Dipeptidyl-peptidase III
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Sabljic, I. / Luic, M.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of dipeptidyl peptidase III from the human gut symbiont Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Sabljic, I. / Mestrovic, N. / Vukelic, B. / Macheroux, P. / Gruber, K. / Luic, M. / Abramic, M.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dipeptidyl-peptidase III
B: Putative dipeptidyl-peptidase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,8908
ポリマ－155,3752
非ポリマー5156
水00
1
A: Putative dipeptidyl-peptidase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8493
ポリマ－77,6881
非ポリマー1612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative dipeptidyl-peptidase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0415
ポリマ－77,6881
非ポリマー3544
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.632, 176.315, 74.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 25 and (name N or name...
21(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASPASP(chain A and ((resid 25 and (name N or name...AA2525
12ASPASPASNASN(chain A and ((resid 25 and (name N or name...AA25 - 67525 - 675
13ASPASPASNASN(chain A and ((resid 25 and (name N or name...AA25 - 67525 - 675
14ASPASPASNASN(chain A and ((resid 25 and (name N or name...AA25 - 67525 - 675
15ASPASPASNASN(chain A and ((resid 25 and (name N or name...AA25 - 67525 - 675
21ASPASPASPASP(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB2525
22TYRTYRTYRTYR(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB2626
23PHEPHEASNASN(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB24 - 67424 - 674
24PHEPHEASNASN(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB24 - 67424 - 674
25PHEPHEASNASN(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB24 - 67424 - 674
26PHEPHEASNASN(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB24 - 67424 - 674
27PHEPHEASNASN(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB24 - 67424 - 674
28PHEPHEASNASN(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB24 - 67424 - 674
29PHEPHEASNASN(chain B and (resseq 25 or (resid 26 and (name...BB24 - 67424 - 674

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要素

#1: タンパク質 Putative dipeptidyl-peptidase III


分子量: 77687.539 Da / 分子数: 2 / 変異: C11S, C158S, C189S, C425S, C450S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_1846 / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6N1, dipeptidyl-peptidase III
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium cocodylate pH 6.5, 2.0 M NH4SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→47.49 Å / Num. obs: 25217 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 47.3 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.229 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.254 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 134890 / Scaling rejects: 35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.27-3.494.50.5920.8310.3050.66987.1
9.24-47.495.40.0760.9950.0350.08499.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.329
最高解像度最低解像度
Rotation47.49 Å3.4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NA6

5na6


解像度: 3.29→47.488 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 1241 4.94 %
Rwork0.2072 --
obs0.2093 25121 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.14 Å2 / Biso mean: 41.0014 Å2 / Biso min: 12.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.29→47.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10198 0 22 0 10220
Biso mean--51.15 --
残基数----1300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41614189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3866162
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5581X-RAY DIFFRACTION6.792TORSIONAL
12B5581X-RAY DIFFRACTION6.792TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2896-3.42120.33621330.27622474260794
3.4212-3.57690.33151540.252325932747100
3.5769-3.76540.29361400.22126412781100
3.7654-4.00120.22611250.195126432768100
4.0012-4.310.23981310.191926502781100
4.31-4.74330.22281170.18922673279099
4.7433-5.42890.23781370.1882672280999
5.4289-6.83650.24011330.228927182851100
6.8365-47.49270.20881710.183228162987100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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