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- PDB-1btg: CRYSTAL STRUCTURE OF BETA NERVE GROWTH FACTOR AT 2.5 A RESOLUTION... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1btg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BETA NERVE GROWTH FACTOR AT 2.5 A RESOLUTION IN C2 SPACE GROUP WITH ZN IONS BOUND
要素BETA NERVE GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR / NERVE
機能・相同性
機能・相同性情報


TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation ...TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / Retrograde neurotrophin signalling / NF-kB is activated and signals survival / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron maturation / nerve growth factor signaling pathway / regulation of neurotransmitter secretion / nerve development / positive regulation of collateral sprouting / peripheral nervous system development / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of neuron differentiation / positive regulation of DNA binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of axon extension / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of protein autophosphorylation / sensory perception of pain / positive regulation of neuron differentiation / neuron projection morphogenesis / adult locomotory behavior / positive regulation of protein ubiquitination / endosome lumen / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / memory / positive regulation of neuron projection development / circadian rhythm / neuron projection development / synaptic vesicle / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum lumen / axon / lipid binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Holland, D.R. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Nerve growth factor in different crystal forms displays structural flexibility and reveals zinc binding sites.
著者: Holland, D.R. / Cousens, L.S. / Meng, W. / Matthews, B.W.
履歴
登録1995年8月29日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_source / pdbx_database_status / software
Item: _diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp ..._diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp / _diffrn_detector.details / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.target / _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA NERVE GROWTH FACTOR
B: BETA NERVE GROWTH FACTOR
C: BETA NERVE GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3426
ポリマ－37,1463
非ポリマー1963
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: BETA NERVE GROWTH FACTOR

A: BETA NERVE GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7642
ポリマ－24,7642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y,-z-11
Buried area2390 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PISA, PQS
3
B: BETA NERVE GROWTH FACTOR
C: BETA NERVE GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9605
ポリマ－24,7642
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
4
B: BETA NERVE GROWTH FACTOR
C: BETA NERVE GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9605
ポリマ－24,7642
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_546x+1/2,y-1/2,z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.800, 93.900, 58.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 BETA NERVE GROWTH FACTOR / BNGF


分子量: 12382.035 Da / 分子数: 3
変異: BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZN IONS BOUND / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: SALIVARY GLANDS / 参照: UniProt: P01139
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 63 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.1 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
218-20 %PEG80001reservoir
3100 mMPIPES1reservoir
4100 mMzinc acetate1reservoir

-
データ収集

回折Ambient pressure: 101 kPa / 平均測定温度: 298 K
放射光源由来: rotating-anode X-ray tube / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 / Target: Cu
検出器タイプ: AREA DETECTOR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年1月1日 / 詳細: Xuong-Hamlin
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 1.5418 Å
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射Rmerge(I) obs: 0.05
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 15194 / % possible obs: 89 % / Num. measured all: 44269 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HOWARDET AL.データ収集
TNT精密化
XENGEN(HOWARDデータ削減
NIELSENデータ削減
XUONG)データ削減
Xengen (HOWARD, NIELSEN, XUONG)データスケーリング
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 2
詳細: ALTHOUGH THE N- AND C-TERMINI OF THE A, B, AND C MOLECULES ARE CHARACTERIZED BY HIGH TEMPERATURE FACTORS, THEY ARE SEEN IN OMIT MAPS.
Rfactor反射数
obs0.179 44269
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 3 54 2565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.42.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 15194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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