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- PDB-6lw5: Crystal structure of the human formyl peptide receptor 2 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lw5
タイトルCrystal structure of the human formyl peptide receptor 2 in complex with WKYMVm
要素
  • Soluble cytochrome b562,N-formyl peptide receptor 2
  • TRP-LYS-TYR-MET-VAL-QXV
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Formyl peptide receptor / G protein-coupled receptor / Complex / Peptide agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


N-formyl peptide receptor activity / complement receptor activity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / scavenger receptor binding / RAGE receptor binding / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / cargo receptor activity ...N-formyl peptide receptor activity / complement receptor activity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / scavenger receptor binding / RAGE receptor binding / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / cargo receptor activity / positive chemotaxis / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / astrocyte activation / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of phagocytosis / calcium-mediated signaling / microglial cell activation / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / chemotaxis / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formyl peptide receptor-related / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. ...Formyl peptide receptor-related / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Soluble cytochrome b562 / N-formyl peptide receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, T. / Zong, X. / Zhang, H. / Wang, M. / Zhao, Q. / Wu, B.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507000 中国
National Science Foundation (NSF, China)31730027 中国
National Science Foundation (NSF, China)81525024 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis of ligand binding modes at the human formyl peptide receptor 2.
著者: Chen, T. / Xiong, M. / Zong, X. / Ge, Y. / Zhang, H. / Wang, M. / Won Han, G. / Yi, C. / Ma, L. / Ye, R.D. / Xu, Y. / Zhao, Q. / Wu, B.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,N-formyl peptide receptor 2
B: TRP-LYS-TYR-MET-VAL-QXV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3244
ポリマ－48,5512
非ポリマー7732
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.280, 66.280, 244.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,N-formyl peptide receptor 2 / Cytochrome b-562 / FMLP-related receptor I / FMLP-R-I / Formyl peptide receptor-like 1 / HM63 / ...Cytochrome b-562 / FMLP-related receptor I / FMLP-R-I / Formyl peptide receptor-like 1 / HM63 / Lipoxin A4 receptor / LXA4 receptor / RFP


分子量: 47694.016 Da / 分子数: 1 / 変異: M1007W, H1102I, R1106L, S211L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, FPR2, FPRH1, FPRL1, LXA4R
発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P25090
#2: タンパク質・ペプチド TRP-LYS-TYR-MET-VAL-QXV


分子量: 857.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M Tris, pH 7.5, 35% PEG500 DME, 3% PPG400, 100 mM CH3COOLi

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 15644 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Num. unique obs: 767 / CC1/2: 0.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXV1.18精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C1M, 1M6T

5c1m

1m6t


解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 782 -
Rwork0.258 --
obs-15644 96.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3396 0 49 1 3446
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3851 --
Rwork0.3491 --
obs-2406 96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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