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万見
- PDB-4u16: M3-mT4L receptor bound to NMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u16
タイトルM3-mT4L receptor bound to NMS
要素Muscarinic acetylcholine receptor M3,Lysozyme,Muscarinic acetylcholine receptor M3
キーワードMEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR / GPCR Crystallography T4 lysozyme / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate by acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor binding / Muscarinic acetylcholine receptors / quaternary ammonium group binding / saliva secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / : / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / response to acetylcholine / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction ...negative regulation of heart rate by acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor binding / Muscarinic acetylcholine receptors / quaternary ammonium group binding / saliva secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / : / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / response to acetylcholine / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / regulation of smooth muscle contraction / acetylcholine binding / G alpha (q) signalling events / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / ligand-gated ion channel signaling pathway / asymmetric synapse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / smooth muscle contraction / viral release from host cell by cytolysis / positive regulation of vasoconstriction / axon terminus / peptidoglycan catabolic process / basal plasma membrane / calcium-mediated signaling / postsynaptic density membrane / positive regulation of insulin secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
N-methyl scopolamine / D(-)-TARTARIC ACID / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Thorsen, T.S. / Matt, R. / Weis, W.I. / Kobilka, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Modified T4 Lysozyme Fusion Proteins Facilitate G Protein-Coupled Receptor Crystallogenesis.
著者: Thorsen, T.S. / Matt, R. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2014年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Lysozyme,Muscarinic acetylcholine receptor M3
B: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Lysozyme,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8037
ポリマ－95,7162
非ポリマー1,0875
水00
1
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Lysozyme,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3263
ポリマ－47,8581
非ポリマー4682
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Lysozyme,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4774
ポリマ－47,8581
非ポリマー6193
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.391, 187.180, 53.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M3,Lysozyme,Muscarinic acetylcholine receptor M3


分子量: 47858.023 Da / 分子数: 2
断片: UNP P08483 residues 57-259, 482-563, UNP D9IEF7 residues 61-161
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Chrm3, Chrm-3, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08483, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-3C0 / N-methyl scopolamine / (1R,2R,4S,5S,7s)-7-{[(2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoyl]oxy}-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azoniatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonane


分子量: 318.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24NO4 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
Has protein modificationY
配列の詳細The fusion protein is a chimeric of M3 and RB69 lysozyme. The fusion protein is made of M 3 ( ...The fusion protein is a chimeric of M3 and RB69 lysozyme. The fusion protein is made of M 3 ( residues 57-259) - Lysozyme (residues 1000-1117)- M3 (residues 482-563).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: The best crystallization condition was 100 mM Tris pH 7.5, 44% PEG 300 and 400 mM ammonium tartrate.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→33.7 Å / Num. obs: 14787 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 119.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DAJ, 4LZM

4daj

4lzm


解像度: 3.7→33.67 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 749 5.07 %
Rwork0.2386 --
obs0.2409 14787 92.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→33.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5784 0 76 0 5860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5978251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7562017
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021000
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7001-3.98540.34331340.28382600X-RAY DIFFRACTION86
3.9854-4.38570.34061660.26632831X-RAY DIFFRACTION94
4.3857-5.01850.28371640.24062886X-RAY DIFFRACTION96
5.0185-6.31590.34671540.27622933X-RAY DIFFRACTION97
6.3159-33.67140.21881310.20092788X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.3762 Å / Origin y: -1.074 Å / Origin z: 5.547 Å
111213212223313233
T1.7924 Å2-0.0159 Å20.1948 Å2-0.7025 Å2-0.029 Å2--1.5777 Å2
L-0.2329 °2-0.6317 °2-0.1314 °2-5.1343 °2-0.2785 °2--0.6886 °2
S0.1183 Å °-0.0083 Å °-0.0679 Å °-0.6143 Å °-0.1295 Å °0.1124 Å °0.149 Å °0.0575 Å °0.0073 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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