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- PDB-1zdt: The Crystal Structure of Human Steroidogenic Factor-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zdt
タイトルThe Crystal Structure of Human Steroidogenic Factor-1
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Steroidogenic factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / Steroidogenic Factor-1 / Nuclear Receptor / pholpholipid / phosphatidylethanolamine
機能・相同性
機能・相同性情報


primary sex determination / response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / regulation of steroid biosynthetic process / luteinization / sex determination / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development ...primary sex determination / response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / regulation of steroid biosynthetic process / luteinization / sex determination / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / female gonad development / Leydig cell differentiation / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / adrenal gland development / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / calcineurin-mediated signaling / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / transcription regulator inhibitor activity / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Cytoprotection by HMOX1 / phospholipid binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Steroidogenic factor 1 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, W. / Zhang, C. / Marimuthu, A. / Krupka, H.I. / Tabrizizad, M. / Shelloe, R. / Mehra, U. / Eng, K. / Nguyen, H. / Settachatgul, C. ...Wang, W. / Zhang, C. / Marimuthu, A. / Krupka, H.I. / Tabrizizad, M. / Shelloe, R. / Mehra, U. / Eng, K. / Nguyen, H. / Settachatgul, C. / Powell, B. / Milburn, M.V. / West, B.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: The crystal structures of human steroidogenic factor-1 and liver receptor homologue-1
著者: Wang, W. / Zhang, C. / Marimuthu, A. / Krupka, H.I. / Tabrizizad, M. / Shelloe, R. / Mehra, U. / Eng, K. / Nguyen, H. / Settachatgul, C. / Powell, B. / Milburn, M.V. / West, B.L.
履歴
登録2005年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroidogenic factor 1
B: Steroidogenic factor 1
P: Nuclear receptor coactivator 2
Q: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6046
ポリマ－58,2204
非ポリマー1,3842
水4,234235
1
A: Steroidogenic factor 1
P: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8023
ポリマ－29,1102
非ポリマー6921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
2
B: Steroidogenic factor 1
Q: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8023
ポリマ－29,1102
非ポリマー6921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
3
A: Steroidogenic factor 1
P: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

B: Steroidogenic factor 1
Q: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6046
ポリマ－58,2204
非ポリマー1,3842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area6530 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area24510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.601, 73.601, 195.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Steroidogenic factor 1 / STF-1 / SF-1 / Adrenal 4 binding protein / Steroid hormone receptor Ad4BP / Fushi tarazu factor homolog 1


分子量: 27645.172 Da / 分子数: 2 / 変異: C247S, C412S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q13285
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2


分子量: 1464.664 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 741-752 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG3350, ammonium sulfate, sucrose, pH 5.5, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 34885 / Num. obs: 34644 / % possible obs: 99.31 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 38.74 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Rsym value: 0.77 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.25精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.778 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26532 1565 4.3 %RANDOM
Rwork0.21597 ---
all0.21823 34885 --
obs0.21823 34644 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20.67 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3991 0 94 235 4320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214150
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.9995585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8739218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1065489
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.24476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.22537
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2830.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4831.52472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93923971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53231678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5794.51614
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.335 2494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.97981.054-1.48531.185-0.70883.8661-0.20730.0305-0.2304-0.13650.1174-0.14670.46250.10310.08990.14750.04240.03940.043-0.00730.09664.633315.740477.4678
22.3171-0.1019-0.9182.34180.14514.76060.0958-0.067-0.04570.148-0.1934-0.0795-0.18810.42970.09750.0364-0.0393-0.04070.06420.01650.136513.8346-26.510196.2497
30.1838-0.10970.21120.9466-0.30930.1083-0.02010.0012-0.03690.00320.0667-0.1284-0.026-0.031-0.04650.1945-0.03510.06240.2987-0.04770.19193.9384-7.149486.0037
428.84257.07651.36234.4555-4.446326.0428-0.34510.0365-0.04570.22280.0521-0.7244-0.44841.15570.2930.12060.0220.00910.203-0.01440.063212.843422.017893.3912
520.579-1.15966.8311-4.0154-2.60234.20510.2938-0.62261.05660.3209-0.7442-1.7446-0.13870.68120.45040.524-0.3155-0.08790.53170.10240.5729.1754-18.1701101.331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A221 - 248
2X-RAY DIFFRACTION1A256 - 460
3X-RAY DIFFRACTION1A1001
4X-RAY DIFFRACTION1A1002 - 1096
5X-RAY DIFFRACTION1B1003
6X-RAY DIFFRACTION2B221 - 459
7X-RAY DIFFRACTION2B1002
8X-RAY DIFFRACTION2B1004 - 1096
9X-RAY DIFFRACTION3A1097 - 1115
10X-RAY DIFFRACTION3Q199
11X-RAY DIFFRACTION3B1097 - 1115
12X-RAY DIFFRACTION4P741 - 752
13X-RAY DIFFRACTION4P230 - 232
14X-RAY DIFFRACTION5Q741 - 751
15X-RAY DIFFRACTION5A1116 - 1117
16X-RAY DIFFRACTION5B1116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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