PDB-1zdc: DISULFIDE-STABILIZED MINI PROTEIN A DOMAIN, Z34C, NMR, 24 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zdc

タイトル

DISULFIDE-STABILIZED MINI PROTEIN A DOMAIN, Z34C, NMR, 24 STRUCTURES

要素

STABLE MINI PROTEIN A DOMAIN, Z34C

キーワード

IGG BINDING DOMAIN / PROTEIN A MIMIC

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / METRIX MATRIX DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Starovasnik, M.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Structural mimicry of a native protein by a minimized binding domain.
著者: Starovasnik, M.A. / Braisted, A.C. / Wells, J.A.

履歴

登録	1997年7月9日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zdc.cif.gz	264.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zdc.ent.gz	229.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zdc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zdc_validation.pdf.gz	339.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zdc_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	1zdc_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	1zdc_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/1zdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/1zdc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zdaC 1zdbC 1zddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zdd-d 6mm4-d 1p7a-d 5jhi-d 2ktn-d 1mr0-d 3loz-d 6d8q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: STABLE MINI PROTEIN A DOMAIN, Z34C

4.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	24 / 48	LOWEST RESTRAINT VIOLATION ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	STABLE MINI PROTEIN A DOMAIN, Z34C 分子量: 4188.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STABLE, TWO-HELIX, IGG-BINDING VARIANT OF PROTEIN A / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	IN H2O: NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	COSY; IN D2O: NOESY
1	4	1	COSY-35
1	5	1	2Q

-
試料調製

試料状態	pH: 5.1 / 温度: 281 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称:

AMBER / 分類: 精密化

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	BIOSYM	精密化
DGII		構造決定
Discover		構造決定

精密化

手法: METRIX MATRIX DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST RESTRAINT VIOLATION ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 48 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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