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万見
- PDB-1bkv: COLLAGEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bkv
タイトルCOLLAGEN
要素T3-785
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / COLLAGEN / HYDROXYPROLINE / HYDROGEN BONDING / TRIPLE HELIX / TYPE III COLLAGEN
機能・相同性ACETIC ACID
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kramer, R.Z. / Bella, J. / Mayville, P. / Brodsky, B. / Berman, H.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Sequence dependent conformational variations of collagen triple-helical structure.
著者: Kramer, R.Z. / Bella, J. / Mayville, P. / Brodsky, B. / Berman, H.M.
履歴
登録1998年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T3-785
B: T3-785
C: T3-785
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3618
ポリマ－8,0613
非ポリマー3005
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area5260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.090, 15.629, 39.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

ACY

21B-401-

ACY

31B-405-

ACY

41B-405-

ACY

51A-134-

HOH

61A-189-

HOH

71A-211-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド T3-785


分子量: 2686.908 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MODEL PEPTIDE CONTAINING BIOLOGICAL SEQUENCE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HYDROGEN BONDS BETWEEN PEPTIDE CHAINS FOLLOW THE RICH AND CRICK MODEL II FOR COLLAGEN.
非ポリマーの詳細TWO ACETIC ACID MOLECULES SIT ON A CRYSTALLOGRAPHIC TWO FOLD. AS A RESULT THE ASYMMETRIC UNIT FOR ...TWO ACETIC ACID MOLECULES SIT ON A CRYSTALLOGRAPHIC TWO FOLD. AS A RESULT THE ASYMMETRIC UNIT FOR THESE TWO ACETIC ACIDS CONTAIN ONLY ONE OXYGEN ATOM EACH.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110.0 mg/mlpeptide1drop
215 %PEG40001drop
30.05 Macetic acid1drop
40.05 MTris-HCl1drop
50.1 M1dropLi2SO4
630 %PEG40001reservoir
70.1 MTris-HCl1reservoir
80.2 M1reservoirLiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 4853 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.133 / % possible all: 93
反射
*PLUS
% possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IDEALIZED 7-FOLD TRIPLE HELIX

解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: ADDITIONAL PARAMETERS USED FOR HYDROXYPROLINE. THREE EXTREMELY STRONG REFLECTIONS (-3 1 1, 4 0 2, AND 5 1 0) WERE UNDERESTIMATED AND HENCE WERE EXCLUDED FROM REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 486 9.6 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 4643 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.576 Å20 Å2-15.601 Å2
2--9.383 Å20 Å2
3----2.808 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数563 0 18 111 692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 29 -
Rwork0.265 348 -
obs--90 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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