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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b9h | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF 3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID (AHBA) SYNTHASE | ||||||
![]() | PROTEIN (3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID SYNTHASE) | ||||||
![]() | RIFAMYCIN BIOSYNTHESIS (RIFD GENE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-amino-5-hydroxybenzoate synthase / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase activity / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / polysaccharide biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eads, J.C. / Beeby, M. / Scapin, G. / Yu, T.-W. / Floss, H.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA) synthase. 著者: Eads, J.C. / Beeby, M. / Scapin, G. / Yu, T.W. / Floss, H.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42262.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PRSETB(EAHBA6) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % 解説: MAD DATA USED AS MIR EXPERIMENT, STATISTICS LISTED ARE FOR BEST MAD DATASET (IE NOT NATIVE) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 133 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→99 Å / Num. obs: 65659 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 3.8 / Net I/σ(I): 18.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rsym value: 16.6 / % possible all: 100 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.037 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: XPLOR USED IN EARLIER STAGES OF REFINEMENT. RESIDUE 1 (MET) IS NOT PRESENT IN THE PROTEIN. RESIDUES 2-4 ARE NOT MODELED IN THE STRUCTURE (POOR ELECTRON DENSITY)
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |