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- PDB-1axt: IMMUNE VERSUS NATURAL SELECTION: ANTIBODY ALDOLASES WITH THE RATE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1axt
タイトルIMMUNE VERSUS NATURAL SELECTION: ANTIBODY ALDOLASES WITH THE RATES OF NATURAL ENZYMES
要素(IMMUNOGLOBULIN IGG2A) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY FAB' / CATALYST / ALDOLASE REACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of proteolysis / positive regulation of endocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / multivesicular body / positive regulation of phagocytosis / response to bacterium / positive regulation of immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Heine, A. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Immune versus natural selection: antibody aldolases with enzymic rates but broader scope.
著者: Barbas 3rd., C.F. / Heine, A. / Zhong, G. / Hoffmann, T. / Gramatikova, S. / Bjornestedt, R. / List, B. / Anderson, J. / Stura, E.A. / Wilson, I.A. / Lerner, R.A.
履歴
登録1997年10月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN IGG2A
H: IMMUNOGLOBULIN IGG2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6262
ポリマ－47,6262
非ポリマー00
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.500, 65.300, 132.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN IGG2A


分子量: 23796.426 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB' FRAGMENT 33F12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MONOCLONAL ANTIBODY IGG2A FAB' FRAGMENT / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: PIR: S16112
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN IGG2A


分子量: 23829.885 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB' FRAGMENT 33F12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MONOCLONAL ANTIBODY IGG2A FAB' FRAGMENT / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01865
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.4.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 %PEG400011
20.1 MHEPES11
310 %isopropanol11

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データ収集

回折平均測定温度: 97 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: PT COATED FUSED SILICA X-RAY MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 26432 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 95
反射
*PLUS
Num. measured all: 264288 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.302

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
MERLOT位相決定
SHELXL-96精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CGR

2cgr


解像度: 2.15→10 Å / Num. parameters: 14365 / Num. restraintsaints: 14062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: THE INITIAL REFINEMENT WAS BEGUN USING X-PLOR. RESIDUES H 128 TO H136 ARE IN WEAK OR NO ELECTRON DENSITY. THEY WERE REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AND THE LISTED COORDINATES ARE THEREFORE NOT RELIABLE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3167 1304 5 %EVERY 20TH REFLECTION
all0.2144 26080 --
obs0.2108 -96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 3233 / Occupancy sum non hydrogen: 3556
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3350 0 0 248 3598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.324
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.088
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.082
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg30
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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