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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1axt | ||||||
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タイトル | IMMUNE VERSUS NATURAL SELECTION: ANTIBODY ALDOLASES WITH THE RATES OF NATURAL ENZYMES | ||||||
![]() | (IMMUNOGLOBULIN IGG2A) x 2 | ||||||
![]() | IMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY FAB' / CATALYST / ALDOLASE REACTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / positive regulation of endocytosis / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / multivesicular body / complement activation, classical pathway / antigen binding / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heine, A. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Immune versus natural selection: antibody aldolases with enzymic rates but broader scope. 著者: Barbas 3rd., C.F. / Heine, A. / Zhong, G. / Hoffmann, T. / Gramatikova, S. / Bjornestedt, R. / List, B. / Anderson, J. / Stura, E.A. / Wilson, I.A. / Lerner, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 379.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2cgrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23796.426 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB' FRAGMENT 33F12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MONOCLONAL ANTIBODY IGG2A FAB' FRAGMENT / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23829.885 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB' FRAGMENT 33F12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MONOCLONAL ANTIBODY IGG2A FAB' FRAGMENT / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.4. | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 97 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: PT COATED FUSED SILICA X-RAY MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 26432 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 264288 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.302 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2CGR 解像度: 2.15→10 Å / Num. parameters: 14365 / Num. restraintsaints: 14062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: THE INITIAL REFINEMENT WAS BEGUN USING X-PLOR. RESIDUES H 128 TO H136 ARE IN WEAK OR NO ELECTRON DENSITY. THEY WERE REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AND THE LISTED COORDINATES ARE THEREFORE NOT RELIABLE.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 3233 / Occupancy sum non hydrogen: 3556 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-96 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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