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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1axb | ||||||
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タイトル | TEM-1 BETA-LACTAMASE FROM ESCHERICHIA COLI INHIBITED WITH AN ACYLATION TRANSITION STATE ANALOG | ||||||
![]() | TEM-1 BETA LACTAMASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / BETA-LACTAMASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Maveyraud, L. / Pratt, R.F. / Samama, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of an acylation transition-state analog of the TEM-1 beta-lactamase. Mechanistic implications for class A beta-lactamases. 著者: Maveyraud, L. / Pratt, R.F. / Samama, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28984.076 Da / 分子数: 1 / 変異: VARIANT V84I, A184V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FOS / [[ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 詳細: BUFFER NA/K-PHOSPHATE 20MM PH 7.8 AMMONIUM SULFATE 45% SATURATION (4 DEGREES) ACETONE 4% (V/V) PROTEIN 14.5 MG/ML | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 6 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jelsch, C., (1992) J. Mol. Biol., 223, 377. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月7日 / 詳細: DOUBLE MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→38.01 Å / Num. obs: 14698 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.25 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 86.24 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 38707 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.2 % / Num. unique obs: 3909 / Num. measured obs: 5911 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: FOURIER DIFFERENCE METHOD, STARTING WITH 1BTL 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 詳細: A PHOSPHONYLATED SERINE RESIDUE WAS INTRODUCED IN THE ENGH & HUBER PARAMETER FILE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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