+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c75 | ||||||
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Title | Consensus (ALL-CON) beta-lactamase class A | ||||||
Components | BETA-LACTAMASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
Function / homology | Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2014 Title: Phenotypic Comparisons of Consensus Variants Versus Laboratory Resurrections of Precambrian Proteins. Authors: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. #1: Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2013 Title: Hyperstability and Substrate Promiscuity in Laboratory Resurrections of Precambrian Beta-Lactamases. Authors: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Mejia-Carmona, D.F. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4c75.cif.gz | 421.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4c75.ent.gz | 346.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4c75.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4c75_validation.pdf.gz | 482.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4c75_full_validation.pdf.gz | 489.7 KB | Display | |
Data in XML | 4c75_validation.xml.gz | 45.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4c75_validation.cif.gz | 66.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c75 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4c6yC 4b88S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 27845.354 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Description: RESURRECTED SEQUENCE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED / Plasmid: PET24 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: beta-lactamase |
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-Non-polymers , 5 types, 742 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | RESURRECTE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 44 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.6 Details: COUNTERDIFFUSION CSK24KIT C18: 25% PEG 4K, 0.2M NH4 SULPHATE, 0.1M NA- ACETATE PH 4.60 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.954 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 17, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→47.88 Å / Num. obs: 58758 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.13 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4B88 Resolution: 2.2→47.85 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→47.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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