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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c75 | ||||||
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Title | Consensus (ALL-CON) beta-lactamase class A | ||||||
![]() | BETA-LACTAMASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
Function / homology | Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Phenotypic Comparisons of Consensus Variants Versus Laboratory Resurrections of Precambrian Proteins. Authors: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. #1: ![]() Title: Hyperstability and Substrate Promiscuity in Laboratory Resurrections of Precambrian Beta-Lactamases. Authors: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Mejia-Carmona, D.F. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 489.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4c6yC ![]() 4b88S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 27845.354 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Description: RESURRECTED SEQUENCE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED / Plasmid: PET24 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 742 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | RESURRECTE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 44 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.6 Details: COUNTERDIFFUSION CSK24KIT C18: 25% PEG 4K, 0.2M NH4 SULPHATE, 0.1M NA- ACETATE PH 4.60 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 17, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→47.88 Å / Num. obs: 58758 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.13 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4B88 Resolution: 2.2→47.85 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→47.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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