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Yorodumi- PDB-4c6y: Ancestral PNCA (last common ancestors of Gram-positive and Gram- ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c6y | |||||||||
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Title | Ancestral PNCA (last common ancestors of Gram-positive and Gram- negative bacteria) beta-lactamase class A | |||||||||
Components | BETA-LACTAMASE | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE | |||||||||
Function / homology | Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | |||||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.799 Å | |||||||||
Authors | Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. | |||||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2014 Title: Phenotypic Comparisons of Consensus Variants Versus Laboratory Resurrections of Precambrian Proteins. Authors: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. #1: Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2013 Title: Hyperstability and Substrate Promiscuity in Laboratory Resurrections of Precambrian Beta-Lactamases. Authors: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Mejia-Carmona, D.F. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4c6y.cif.gz | 326.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4c6y.ent.gz | 273.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4c6y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4c6y_validation.pdf.gz | 482.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4c6y_full_validation.pdf.gz | 491.5 KB | Display | |
Data in XML | 4c6y_validation.xml.gz | 26.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4c6y_validation.cif.gz | 37.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6y | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4c75C 4b88S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28088.729 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Description: RESURRECTED SEQUENCE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED / Plasmid: PET24 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: beta-lactamase |
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-Non-polymers , 7 types, 332 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | RESURRECTE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 47 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: CAPILLARY COUNTERDIFFUSION 20%PEG 400, 15%PEG 4K, 10% PEG 8K, TRIS-HCL 0.1M PH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→46.7 Å / Num. obs: 52107 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4B88 Resolution: 1.799→46.703 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / Phase error: 14.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.799→46.703 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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