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万見
- PDB-1aro: T7 RNA POLYMERASE COMPLEXED WITH T7 LYSOZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aro
タイトルT7 RNA POLYMERASE COMPLEXED WITH T7 LYSOZYME
要素
  • T7 LYSOZYME
  • T7 RNA POLYMERASE
キーワードCOMPLEX (POLYMERASE/HYDROLASE) / TRANSCRIPTION / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / HYDROLASE / GLYCOSIDASE / COMPLEX (POLYMERASE-HYDROLASE) / COMPLEX (POLYMERASE-HYDROLASE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / negative regulation of viral transcription / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : ...DNA-templated viral transcription / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / negative regulation of viral transcription / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Endolysin T7 type / Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. ...Endolysin T7 type / Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Peptidoglycan recognition protein family domain, metazoa/bacteria / Peptidoglycan recognition protein / Animal peptidoglycan recognition proteins homologous to Bacteriophage T3 lysozyme. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / T7 RNA polymerase / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Steitz, T. / Jeruzalmi, D.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Structure of T7 RNA polymerase complexed to the transcriptional inhibitor T7 lysozyme.
著者: Jeruzalmi, D. / Steitz, T.A.
履歴
登録1997年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: T7 RNA POLYMERASE
L: T7 LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3479
ポリマ－115,9432
非ポリマー1,4047
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)273.385, 95.612, 63.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 T7 RNA POLYMERASE


分子量: 98936.039 Da / 分子数: 1 / 変異: C347S, C723S, C839S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 遺伝子: T7 / プラスミド: T7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 T7 LYSOZYME / N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE


分子量: 17007.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 遺伝子: T7 / プラスミド: T7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00806, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Jeruzalmi, D., (1997) J. Mol. Biol., 274, 748.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130 mg/mlprotein1drop
22.5 mMTris-HCl1drop
35 mMpotassium phosphate1drop
460 mM1dropNaCl
525 mM1dropMgCl2
612-15 %sarcosine1drop
71 mMdithiothreitol1drop
81 mMNa3 EDTA1drop
90.05 %(v/v)beta-hexylglucoside1drop
100.02 %1dropNaN3
11water1reservoirdeionized, 0.500ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.908
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 38310 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.37
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DEMON-ANGELモデル構築
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
DEMON-ANGEL位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 --
Rwork0.262 --
obs0.262 38310 93.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7599 0 6 0 7605
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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