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- PDB-5fjx: Yeast delta-COP-I mu-homology domain complexed with Gcs1 WxxF peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fjx
タイトルYeast delta-COP-I mu-homology domain complexed with Gcs1 WxxF peptide
要素
  • ADP-RIBOSYLATION FACTOR GTPASE-ACTIVATING PROTEIN GCS1
  • COATOMER SUBUNIT DELTA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COP-I / VESICLE COAT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi distribution to daughter cells / COPI coating of Golgi vesicle / Golgi localization / COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / Golgi inheritance / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Golgi to plasma membrane protein transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...Golgi distribution to daughter cells / COPI coating of Golgi vesicle / Golgi localization / COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / Golgi inheritance / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Golgi to plasma membrane protein transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / actin filament organization / trans-Golgi network / mitotic cell cycle / protein transport / actin binding / cytoskeleton / endosome / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coatomer delta subunit / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain ...Coatomer delta subunit / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GCS1 / Coatomer subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Suckling, R.J. / Evans, P.R. / Owen, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Binding of Tryptophan-Based Motifs by Delta-Cop.
著者: Suckling, R.J. / Poon, P.P. / Travis, S.M. / Majoul, I.V. / Hughson, F.M. / Evans, P.R. / Duden, R. / Owen, D.J.
履歴
登録2015年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COATOMER SUBUNIT DELTA
B: COATOMER SUBUNIT DELTA
C: COATOMER SUBUNIT DELTA
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR GTPASE-ACTIVATING PROTEIN GCS1
E: ADP-RIBOSYLATION FACTOR GTPASE-ACTIVATING PROTEIN GCS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1935
ポリマ－92,1935
非ポリマー00
水4,648258
1
A: COATOMER SUBUNIT DELTA
E: ADP-RIBOSYLATION FACTOR GTPASE-ACTIVATING PROTEIN GCS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0882
ポリマ－31,0882
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-4.3 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
2
B: COATOMER SUBUNIT DELTA
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR GTPASE-ACTIVATING PROTEIN GCS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0882
ポリマ－31,0882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-3.6 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
3
C: COATOMER SUBUNIT DELTA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0181
ポリマ－30,0181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.765, 84.855, 148.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 COATOMER SUBUNIT DELTA / DELTA-COAT PROTEIN / DELTA-COP


分子量: 30017.650 Da / 分子数: 3 / 断片: MU-HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 3282-546 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P43621
#2: タンパク質・ペプチド ADP-RIBOSYLATION FACTOR GTPASE-ACTIVATING PROTEIN GCS1 / ARF GAP GCS1


分子量: 1070.043 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 345-352 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P35197
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS-HCL PH8.5, 0.2M MGCL2, 30% PEG-4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→56 Å / Num. obs: 33682 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 99 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJW

5fjw


解像度: 2.45→74.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 11.984 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.52 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28742 1745 5.2 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.20156 31880 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→74.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6221 0 0 258 6479
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.9778656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.967313978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4735806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.23626.109293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.247151079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0211522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9895.8053197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9835.8043196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2438.6953991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0326.1753174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 154 -
Rwork0.304 2297 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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