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万見
- PDB-1abo: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF THE ABL TYROSINE KINASE SH3 D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1abo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF THE ABL TYROSINE KINASE SH3 DOMAIN WITH 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE
要素
  • 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE, 10 RESIDUES
  • ABL TYROSINE KINASE
キーワードCOMPLEX (KINASE/PEPTIDE) / SH3 DOMAIN / TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) / PROTO-ONCOGENE / COMPLEX (KINASE-PEPTIDE) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin filament depolymerization / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / exocyst / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / semaphorin receptor binding / Cyclin D associated events in G1 / RAC1 GTPase cycle / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis ...regulation of actin filament depolymerization / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / exocyst / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / semaphorin receptor binding / Cyclin D associated events in G1 / RAC1 GTPase cycle / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / response to epinephrine / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / transitional one stage B cell differentiation / regulation of cellular senescence / regulation of postsynaptic specialization assembly / regulation of modification of synaptic structure / DNA conformation change / ruffle assembly / neuroepithelial cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cerebellum morphogenesis / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / microspike assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / circulatory system development / B-1 B cell homeostasis / regulation of extracellular matrix organization / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / Myogenesis / cell junction assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of establishment of T cell polarity / activated T cell proliferation / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / regulation of Cdc42 protein signal transduction / syntaxin binding / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of dendrite development / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of osteoblast proliferation / cell leading edge / regulation of microtubule polymerization / associative learning / Bergmann glial cell differentiation / semaphorin-plexin signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / B cell proliferation / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of BMP signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of focal adhesion assembly / phagocytic cup / bicellular tight junction / phagocytosis / BMP signaling pathway / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / four-way junction DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of vasoconstriction / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of GTPase activity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic cell cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading
類似検索 - 分子機能
: / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / AH/BAR domain superfamily ...: / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH3 Domains / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase ABL1 / SH3 domain-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Musacchio, A. / Wilmanns, M. / Saraste, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: High-resolution crystal structures of tyrosine kinase SH3 domains complexed with proline-rich peptides.
著者: Musacchio, A. / Saraste, M. / Wilmanns, M.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of the SH3 Domain in Human Fyn. Comparison of the Three-Dimensional Structures of the SH3 Domain in Tyrosine Kinases and Spectrin
著者: Noble, M.E.M. / Musacchio, A. / Courtneidge, S. / Saraste, M. / Wierenga, R.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Identification of a Ten-Amino Acid SH3 Binding Site
著者: Ren, R. / Mayer, B. / Clark, K.L. / Baltimore, D.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of a Src-Homology 3 (SH3) Domain
著者: Musacchio, A. / Noble, M.E.M. / Pauptit, R. / Wierenga, R. / Saraste, M.
履歴
登録1995年5月19日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABL TYROSINE KINASE
B: ABL TYROSINE KINASE
C: 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE, 10 RESIDUES
D: 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE, 10 RESIDUES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9886
ポリマ－15,7964
非ポリマー1922
水2,180121
1
A: ABL TYROSINE KINASE
C: 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE, 10 RESIDUES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9943
ポリマ－7,8982
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area4380 Å2
手法PISA
2
B: ABL TYROSINE KINASE
D: 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE, 10 RESIDUES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9943
ポリマ－7,8982
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area4440 Å2
手法PISA
3
A: ABL TYROSINE KINASE
C: 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE, 10 RESIDUES
ヘテロ分子

B: ABL TYROSINE KINASE
D: 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE, 10 RESIDUES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9886
ポリマ－15,7964
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area3190 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area7790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.800, 54.200, 35.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ABL TYROSINE KINASE / P150


分子量: 6880.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00520, EC: 2.7.1.112
#2: タンパク質・ペプチド 3BP-1 SYNTHETIC PEPTIDE, 10 RESIDUES


分子量: 1017.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P55194
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used as seeds
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mMprotein1drop
210 mMTris1drop
3270 mM1dropNaCl
490 mMsodium citrate1reservoir
590 mMBis-Tris propane1reservoir
60.9 mMDTT1reservoir
70.9 mMEDTA1reservoir
80.9 mM1reservoirNaN3
938-42 %satammonium sulfate1reservoir
10lyophilized 3BP-2 peptide1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年12月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射% possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.029
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.029

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.156 -
obs0.156 7499
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1050 0 10 121 1181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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