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万見
- PDB-3fma: Crystal structure of the GYF domain of Smy2 in complex with a pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fma
タイトルCrystal structure of the GYF domain of Smy2 in complex with a proline-rich peptide from BBP/ScSF1
要素
  • Branchpoint-bridging protein
  • Protein SMY2
キーワードPROTEIN BINDING / GYF domain / poly-proline binding / proline-rich peptide / domain swap / PRS / RAGNYA
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-mRNA branch point binding / protein-containing complex disassembly / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / commitment complex / spliceosomal complex assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane ...pre-mRNA branch point binding / protein-containing complex disassembly / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / commitment complex / spliceosomal complex assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GYF domain / : / Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues ...GYF domain / : / Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / K Homology domain, type 1 superfamily / Dna Ligase; domain 1 / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SMY2 / Branchpoint-bridging protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ash, M.R. / Faelber, K.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: SMY2-type GYF domain recognition in mRNA surveillance complexes
著者: Ash, M.R. / Faelber, K. / Kosslick, D. / Albert, G. / Roske, Y. / Kofler, M. / Schuemann, M. / Krause, E. / Freund, C.
履歴
登録2008年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SMY2
B: Protein SMY2
C: Protein SMY2
D: Protein SMY2
E: Protein SMY2
L: Branchpoint-bridging protein
M: Branchpoint-bridging protein
N: Branchpoint-bridging protein
O: Branchpoint-bridging protein
P: Branchpoint-bridging protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,39510
ポリマ－61,39510
非ポリマー00
水543
1
A: Protein SMY2
L: Branchpoint-bridging protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2792
ポリマ－12,2792
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein SMY2
M: Branchpoint-bridging protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2792
ポリマ－12,2792
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein SMY2
N: Branchpoint-bridging protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2792
ポリマ－12,2792
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein SMY2
O: Branchpoint-bridging protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2792
ポリマ－12,2792
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Protein SMY2
P: Branchpoint-bridging protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2792
ポリマ－12,2792
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.4, 101.4, 150.7
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21E
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1SERSERBB13 - 9613 - 96
2VALVALEE12 - 9612 - 96
3VALVALCC12 - 9612 - 96
4VALVALDD12 - 9612 - 96

-
要素

#1: タンパク質
Protein SMY2 / Suppressor of MYO2-66 protein


分子量: 11296.908 Da / 分子数: 5 / 断片: GYF domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SMY2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P32909
#2: タンパク質・ペプチド
Branchpoint-bridging protein / Splicing factor 1 / Zinc finger protein BBP / Mud synthetic-lethal 5 protein


分子量: 982.090 Da / 分子数: 5 / 断片: Proline-rich peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc solid phase synthesis / 参照: UniProt: Q12186
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.2M (NH4)2SO4, 0.1M Bicine, pH 9.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978522, 0.97875
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9785221
20.978751
反射解像度: 2.5→48.057 Å / Num. obs: 27942 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 64.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 41869 / Num. unique all: 4003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.057 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.805 / SU B: 22.043 / SU ML: 0.205 / SU R Cruickshank DPI: 0.313 / SU Rfree: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1411 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.226 27895 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.84 Å2 / Biso mean: 30.558 Å2 / Biso min: 18.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---4.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3596 0 0 3 3599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9555042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0585449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03624.481154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78215600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7941510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2911.52262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55723696
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.83831442
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3734.51344
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 670 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
BMEDIUM POSITIONAL0.340.5
EMEDIUM POSITIONAL0.310.5
CMEDIUM POSITIONAL0.320.5
DMEDIUM POSITIONAL0.380.5
BMEDIUM THERMAL0.32
EMEDIUM THERMAL0.22
CMEDIUM THERMAL0.272
DMEDIUM THERMAL0.22
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 102 -
Rwork0.332 1922 -
all-2024 -
obs-2024 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.79490.17140.1063.58780.61962.9598-0.23370.294-0.0497-0.40660.25350.51520.1673-0.1703-0.01980.4661-0.18060.02630.10320.03160.234-39.752-52.79222.181
21.49940.64690.37074.82432.07762.4677-0.24070.15910.2898-0.33360.21990.6401-0.3478-0.07970.02090.4714-0.06870.01770.06750.08110.2465-31.969-26.429.491
32.10011.8161-1.01763.5301-2.91893.2475-0.27040.1631-0.1898-0.05150.1032-0.3534-0.09880.29940.16720.5616-0.21310.09580.2582-0.06290.2361-10.974-32.35520.809
40.83250.53890.1175.7561-2.58823.1981-0.13160.1964-0.1858-0.48440.2047-0.52610.35480.2131-0.07310.5078-0.01640.13050.1106-0.07740.3181-18.922-60.86828.833
52.29911.8861-2.11764.567-2.18773.7976-0.0990.1369-0.50880.1318-0.0576-0.43270.6286-0.04310.15660.4279-0.1934-0.04450.2091-0.04440.2006-2.557-18.1254.108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 93
2X-RAY DIFFRACTION1L4 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2B13 - 96
4X-RAY DIFFRACTION2M3 - 9
5X-RAY DIFFRACTION3C11 - 96
6X-RAY DIFFRACTION3N4 - 9
7X-RAY DIFFRACTION4D12 - 96
8X-RAY DIFFRACTION4O4 - 10
9X-RAY DIFFRACTION5E12 - 96
10X-RAY DIFFRACTION5P4 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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