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- PDB-5w0g: Structure of U2AF65 (U2AF2) RRM1 at 1.07 resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w0g
タイトルStructure of U2AF65 (U2AF2) RRM1 at 1.07 resolution
要素Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA SPLICING FACTOR / RNA RECOGNITION MOTIF / RRM / POLYPYRIMIDINE TRACT / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity / spliceosomal complex assembly / Protein hydroxylation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of protein ubiquitination / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / ACETATE ION / Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Agrawal, A.A. / Jenkins, J.L. / Kielkopf, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM070503 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Cancer-Associated Mutations Mapped on High-Resolution Structures of the U2AF2 RNA Recognition Motifs.
著者: Glasser, E. / Agrawal, A.A. / Jenkins, J.L. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2017年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0725
ポリマ－9,6301
非ポリマー4424
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area5050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.707, 28.707, 185.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / U2 auxiliary factor 65 kDa subunit / hU2AF65 / U2 snRNP auxiliary factor large subunit


分子量: 9629.989 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA RECOGNITION motif 1 (RRM1), residues 148-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: U2AF2, U2AF65 / プラスミド: PGEX-6P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26368
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 21% (w/v) PEG MME 550, 210 mM zinc acetate, 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→16.98 Å / Num. obs: 33973 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.07→1.09 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 67.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2HZC

2hzc


解像度: 1.07→16.98 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.153 1876 5.66 %
Rwork0.135 --
obs0.136 33138 92.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.07→16.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数652 0 23 132 807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.023742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.393985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.871283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.071-1.10.2186920.19041611X-RAY DIFFRACTION64
1.1-1.13230.18331310.15162179X-RAY DIFFRACTION87
1.1323-1.16890.16971380.12622379X-RAY DIFFRACTION94
1.1689-1.21060.16721480.12372457X-RAY DIFFRACTION96
1.2106-1.25910.1611530.1242476X-RAY DIFFRACTION97
1.2591-1.31640.14141530.11052502X-RAY DIFFRACTION98
1.3164-1.38570.15731520.11082519X-RAY DIFFRACTION99
1.3857-1.47250.12211530.10742535X-RAY DIFFRACTION99
1.4725-1.58610.12551520.1062588X-RAY DIFFRACTION99
1.5861-1.74560.12331480.10982578X-RAY DIFFRACTION99
1.7456-1.99790.13541720.11612566X-RAY DIFFRACTION98
1.9979-2.51580.14711470.12682575X-RAY DIFFRACTION95
2.5158-16.98020.18111370.17712297X-RAY DIFFRACTION79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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