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- PDB-1a28: HORMONE-BOUND HUMAN PROGESTERONE RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a28
タイトルHORMONE-BOUND HUMAN PROGESTERONE RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN
要素PROGESTERONE RECEPTOR
キーワードPROGESTERONE RECEPTOR / STEROID RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / G protein-coupled receptor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Progesterone receptor / Progesterone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Progesterone receptor / Progesterone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROGESTERONE / Progesterone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sigler, P.B. / Williams, S.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Atomic structure of progesterone complexed with its receptor.
著者: Williams, S.P. / Sigler, P.B.
履歴
登録1998年1月19日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROGESTERONE RECEPTOR
B: PROGESTERONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7384
ポリマ－59,1092
非ポリマー6292
水3,243180
1
A: PROGESTERONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8692
ポリマ－29,5551
非ポリマー3141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROGESTERONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8692
ポリマ－29,5551
非ポリマー3141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.123, 64.444, 69.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.536461, -0.825673, 0.174566), (-0.8309, -0.552959, -0.061968), (0.147693, -0.111803, -0.982694)
ベクター: 23.282, 62.039, 100.634)

-
要素

#1: タンパク質 PROGESTERONE RECEPTOR


分子量: 29554.633 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: BREAST CANCER / 細胞株: T47-D / 遺伝子: PGR / プラスミド: PPR677-933 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): PGR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06401
#2: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 4000, 50 MM PIPES PH 6.5, 350 MM LI2SO4, THEN STABILIZED IN THE SAME BUFFER WITH 21% ETHYLENE GLYCOL
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16.7 mMHEPES1drop
210 %glycerol1drop
33.3 mMdithiothreitol1drop
40.06 %beta-octylglucoside1drop
56.7 nMprogesterone1drop
693 mM1dropNaCl
74 mg/mlprotein1drop
817 mMPIPES1drop
9117 mM1dropLi2SO4
100.7 %PEG40001drop
1150 mMPIPES1reservoir
12350 mM1reservoirLi2SO4
132 %PEG40001reservoir
1410 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月12日 / 詳細: SILICON CRYSTAL
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 42976 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.319 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DPHASEモデル構築
CNS0.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
DPHASE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換
解像度: 1.8→40 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 4081 8.5 %RANDOM
Rwork0.1905 ---
obs0.1905 40453 84.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.73 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.368 Å20 Å2-3.239 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---5.478 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4036 0 46 180 4262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.392
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.904
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.9021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.2861
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.9122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.2081.4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 335 11.2 %
Rwork0.208 2998 -
obs--70.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PROG_CSD.PARPROG_CSD.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2279
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008343
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3928
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.18444
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.90455
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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