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- PDB-1a02: STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF NFAT, FOS AND JUN BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a02
タイトルSTRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF NFAT, FOS AND JUN BOUND TO DNA
要素
  • (AP-1 FRAGMENT ...) x 2
  • DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
  • NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / NFAT / NF-AT / AP-1 / FOS-JUN / QUATERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION SYNERGY / COMBINATORIAL GENE REGULATION / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell differentiation / cellular response to prolactin / medium-term memory / lncRNA transcription / leading edge cell differentiation / cellular response to anisomycin / cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / integrated stress response signaling ...mononuclear cell differentiation / cellular response to prolactin / medium-term memory / lncRNA transcription / leading edge cell differentiation / cellular response to anisomycin / cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / integrated stress response signaling / cellular response to zinc ion starvation / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / myotube cell development / skeletal muscle cell proliferation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / negative regulation of DNA binding / calcineurin-NFAT signaling cascade / neural retina development / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / SMAD protein signal transduction / conditioned taste aversion / NGF-stimulated transcription / positive regulation of osteoclast differentiation / host-mediated activation of viral transcription / cartilage development / response to steroid hormone / axon regeneration / positive regulation of myoblast fusion / response to corticosterone / cellular response to parathyroid hormone stimulus / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear chromosome / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to gravity / eyelid development in camera-type eye / response to immobilization stress / R-SMAD binding / outflow tract morphogenesis / ubiquitin-like protein ligase binding / myoblast proliferation / response to light stimulus / monocyte differentiation / positive regulation of epithelial cell migration / skeletal muscle cell differentiation / general transcription initiation factor binding / Calcineurin activates NFAT / host-mediated suppression of viral transcription / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / response to cAMP / phosphatase binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / 14-3-3 protein binding / JNK cascade / response to muscle stretch / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / FCERI mediated Ca+2 mobilization / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / response to progesterone / cellular response to calcium ion / GTPase activator activity / osteoclast differentiation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / response to endoplasmic reticulum stress / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / response to activity / B cell receptor signaling pathway / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / promoter-specific chromatin binding / liver development / microglial cell activation / female pregnancy / euchromatin / protein-DNA complex / response to insulin / cerebral cortex development / MAPK6/MAPK4 signaling / positive regulation of miRNA transcription / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to toxic substance / RNA polymerase II transcription regulator complex / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear matrix / positive regulation of fibroblast proliferation / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to tumor necrosis factor / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cell migration / regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
AP-1 transcription factor / Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...AP-1 transcription factor / Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein c-Fos / Transcription factor Jun / Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / MIR/MAD / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, L. / Glover, J.N.M. / Hogan, P.G. / Rao, A. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Structure of the DNA-binding domains from NFAT, Fos and Jun bound specifically to DNA.
著者: Chen, L. / Glover, J.N. / Hogan, P.G. / Rao, A. / Harrison, S.C.
履歴
登録1997年12月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DC)-3')
N: NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS
F: AP-1 FRAGMENT FOS
J: AP-1 FRAGMENT JUN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8455
ポリマ－59,8455
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.660, 85.460, 83.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.03, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')


分子量: 6178.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DC)-3')


分子量: 6084.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
AP-1 FRAGMENT ... , 2種, 2分子 FJ

#4: タンパク質 AP-1 FRAGMENT FOS / FOS


分子量: 6727.733 Da / 分子数: 1 / Fragment: FOS / Mutation: C154S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01100
#5: タンパク質 AP-1 FRAGMENT JUN / JUN


分子量: 6583.826 Da / 分子数: 1 / Fragment: JUN / Mutation: C279S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05412

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 89分子 N

#3: タンパク質 NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS / NFAT


分子量: 34270.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 遺伝子: NFAT1 / プラスミド: PLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q13469
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED IN 300-400 MM AMMONIUM ACETATE SALT, PH 7.5 (10 MM)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2DTT11
3NACL11
4GLYCEROL11
5AMMINO ACETATE11
6HEPES12
7DTT12
8NACL12
9GLYCEROL12
10AMMINO ACETATE12
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 68 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2-0.4 mMDNA1drop
210 mMHEPES1reservoir
31 mMdithiothreitol1reservoir
4100 mM1reservoirNaCl
520 %glycerol1reservoir
6300 mM1reservoirNH4OAc
71
81
91
101

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 22079 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.43 / % possible all: 93.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Biso Wilson estimate: 61 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MIR/MAD / 解像度: 2.7→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUES N 478 - N 485 AND N 628 - N 634 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 1671 7.5 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 21643 90.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3073 814 0 88 3975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.52.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 188 6.6 %
Rwork0.369 1784 -
obs--69.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_NDBX.DNATOP_NDBX.DNA
X-RAY DIFFRACTION3PARAM_NDBX.INTTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.49
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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