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- PDB-6lcv: structure of Mutant S44P of maltooligosyltrehalose synthase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lcv
タイトルstructure of Mutant S44P of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus
要素MTSase
キーワードISOMERASE / maltooligosyltrehalose synthase trehaolse mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


(1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase / (1,4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Maltooligosyl trehalose synthase, domain 4 / Maltooligosyl trehalose synthase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arthrobacter ramosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Chen, C. / Su, L. / Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of Mutant S44P of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus
著者: Chen, C. / Wu, J.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MTSase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9151
ポリマ－84,9151
非ポリマー00
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area26690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)194.683, 194.683, 200.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 MTSase


分子量: 84915.227 Da / 分子数: 1 / 変異: S44P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter ramosus (バクテリア)
遺伝子: treY
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9AJN7, (1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium citrate tribasic and BIS-TRIS propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 53170 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.5 % / Biso Wilson estimate: 57.31 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 1.75
反射 シェル解像度: 2.84→2.89 Å / Num. unique obs: 2582 / CC1/2: 0.668

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZCR

5zcr


解像度: 2.84→21.24 Å / SU ML: 0.3118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3074
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1891 2489 5.03 %
Rwork0.1604 --
obs0.1619 49496 93.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→21.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5880 0 0 273 6153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00836014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97148191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0502890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.19872205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.90.33631250.3082289X-RAY DIFFRACTION83.21
2.9-2.950.31431070.27442495X-RAY DIFFRACTION89.42
2.95-3.020.32551300.2742558X-RAY DIFFRACTION93.17
3.02-3.090.33251430.25722638X-RAY DIFFRACTION95.7
3.09-3.170.31391460.23872682X-RAY DIFFRACTION97.92
3.17-3.250.25171430.22692727X-RAY DIFFRACTION98.25
3.25-3.350.24131280.20422712X-RAY DIFFRACTION98.17
3.35-3.450.25011520.18412726X-RAY DIFFRACTION98.43
3.45-3.580.20821490.17012705X-RAY DIFFRACTION98.24
3.58-3.720.20171670.16042711X-RAY DIFFRACTION98.39
3.72-3.890.1751570.14632698X-RAY DIFFRACTION97.11
3.89-4.090.13611370.12782693X-RAY DIFFRACTION96.59
4.09-4.340.15391330.11432706X-RAY DIFFRACTION96.5
4.34-4.680.13391520.10932676X-RAY DIFFRACTION95.41
4.68-5.140.12161550.11722650X-RAY DIFFRACTION94.32
5.14-5.870.16931440.13832526X-RAY DIFFRACTION89.21
5.87-7.350.1585980.1482353X-RAY DIFFRACTION80.73
7.35-21.240.15371230.13842462X-RAY DIFFRACTION81.03
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -92.5555204832 Å / Origin y: 32.3868473313 Å / Origin z: 10.1996090482 Å
111213212223313233
T0.38456297273 Å20.0115979298908 Å2-0.0167376492521 Å2-0.230141702743 Å20.0175714489142 Å2--0.323800355015 Å2
L0.63594493607 °2-0.0128590085701 °2-0.0340200465089 °2-1.03332186764 °2-0.0512351074757 °2--1.10527628182 °2
S-0.040348855843 Å °-0.10211856797 Å °-0.0900048812754 Å °0.193527503287 Å °0.0552434902695 Å °-0.0415910677702 Å °0.250072448864 Å °-0.00333911356633 Å °-0.0201880409827 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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