[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6lcu: structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lcu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus | ||||||
Components | MTSase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / maltooligosyltrehalose synthase trehalose | ||||||
Function / homology | Function and homology information (1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase / (1,4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arthrobacter ramosus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Chen, C. / Su, L. / Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus Authors: Chen, C. / Wu, J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lcu.cif.gz | 369.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6lcu.ent.gz | 267.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lcu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6lcu_validation.pdf.gz | 426.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6lcu_full_validation.pdf.gz | 431.7 KB | Display | |
Data in XML | 6lcu_validation.xml.gz | 32.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6lcu_validation.cif.gz | 49.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5zcrS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 84905.188 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter ramosus (bacteria) / Gene: treY Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q9AJN7, (1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.42 Å3/Da / Density % sol: 80.84 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Succinic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97919 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 81790 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 21 % / Biso Wilson estimate: 39.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 1.85 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.49 Å / Num. unique obs: 4011 / CC1/2: 0.718 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ZCR Resolution: 2.45→50 Å / SU ML: 0.2378 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.5798
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -93.2257933485 Å / Origin y: 32.5157817655 Å / Origin z: 10.2670959761 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |