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- PDB-6lcu: structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lcu | ||||||
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Title | structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus | ||||||
![]() | MTSase | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() (1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase / (1,4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, C. / Su, L. / Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus Authors: Chen, C. / Wu, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 369.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 267.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5zcrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 84905.188 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9AJN7, (1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.42 Å3/Da / Density % sol: 80.84 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Succinic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 81790 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 21 % / Biso Wilson estimate: 39.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 1.85 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.49 Å / Num. unique obs: 4011 / CC1/2: 0.718 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5ZCR Resolution: 2.45→50 Å / SU ML: 0.2378 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.5798
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -93.2257933485 Å / Origin y: 32.5157817655 Å / Origin z: 10.2670959761 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |