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万見
- PDB-4y0h: Gamma-aminobutyric acid aminotransferase inactivated by (1S,3S)-3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y0h
タイトルGamma-aminobutyric acid aminotransferase inactivated by (1S,3S)-3-amino-4-difluoromethylenyl-1-cyclopentanoic acid (CPP-115)
要素4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / GABA-AT / inactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / Degradation of GABA / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / nervous system process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / Degradation of GABA / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / nervous system process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-aminobutyrate aminotransferase, eukaryotic / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...4-aminobutyrate aminotransferase, eukaryotic / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Rui, W. / Ruslan, S. / Hyunbeom, L. / Emma, H.D. / Jose, I.J. / Neil, K. / Richard, B.S. / Dali, L.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2015
タイトル: Mechanism of inactivation of gamma-aminobutyric acid aminotransferase by (1S,3S)-3-amino-4-difluoromethylenyl-1-cyclopentanoic acid (CPP-115)
著者: Hyunbeom, L. / Emma, H.D. / Rui, W. / Ruslan, S. / Jose, I.J. / Dali, L. / Neil, K. / Richard, B.S.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
B: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
C: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
D: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,23212
ポリマ－209,7084
非ポリマー1,5248
水15,151841
1
A: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
B: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6166
ポリマ－104,8542
非ポリマー7624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12510 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
2
C: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
D: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6166
ポリマ－104,8542
非ポリマー7624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area30500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.496, 226.924, 71.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / GABA aminotransferase / GABA-AT / Gamma-amino-N- ...(S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / GABA aminotransferase / GABA-AT / Gamma-amino-N-butyrate transaminase / GABA-T / L-AIBAT


分子量: 52426.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ABAT, GABAT / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: P80147, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase, (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe2S2
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1M ammonium acetate, 0.1M bis-tris (pH 5.5), 17% PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→53.96 Å / Num. obs: 254809 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 5.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.63→53.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.9 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20259 12646 5 %RANDOM
Rwork0.17649 ---
obs0.1778 238799 96.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.161 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.63→53.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14594 0 80 841 15515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01915467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0511.95920949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.998333678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16651947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17123.629722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.657152682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.91715109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.22228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02117640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6721.7267587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6571.7257586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2762.5829541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.282.5839542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8032.0197880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8032.0197881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1182.91211385
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.30214.34218097
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.30214.34218098
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 930 -
Rwork0.251 16865 -
obs--92.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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