[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3lg0: Structure of Plasmodium falciparum ornithine delta-aminotransferase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lg0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Plasmodium falciparum ornithine delta-aminotransferase | ||||||
Components | Ornithine aminotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Activation of Plasmodium falciparum ornithine delta-aminotransferase / delta-aminotransferase / pyridoxal-5-phosphate-dependent enzyme / ornithine / alpha-ketoglutarate / Plasmodium falciparum / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-proline biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Fritz-Wolf, K. / Jortzik, E. / Stumpf, M. / Becker, K. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Redox regulation of Plasmodium falciparum ornithine delta-aminotransferase. Authors: Jortzik, E. / Fritz-Wolf, K. / Sturm, N. / Hipp, M. / Rahlfs, S. / Becker, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lg0.cif.gz | 311.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3lg0.ent.gz | 253.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lg0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3lg0_validation.pdf.gz | 460.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3lg0_full_validation.pdf.gz | 481.1 KB | Display | |
Data in XML | 3lg0_validation.xml.gz | 57 KB | Display | |
Data in CIF | 3lg0_validation.cif.gz | 79.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lg0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ntjC 1z7dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 47182.184 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: isolate CDC / Honduras / Gene: OAT / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q07805, ornithine aminotransferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.59 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.9 M lithium chloride, 0.1 M citric acid, 20 % PEG 6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.98696 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98696 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→43.4 Å / Num. all: 69479 / Num. obs: 66243 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Rsym value: 0.13 / % possible all: 10 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 1z7d Resolution: 2.3→43.375 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: overall / σ(F): 2 / Phase error: 26.92 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.677 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→43.375 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|