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- PDB-1s9k: Crystal Structure of Human NFAT1 and Fos-Jun on the IL-2 ARRE1 Site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s9k
タイトルCrystal Structure of Human NFAT1 and Fos-Jun on the IL-2 ARRE1 Site
要素
  • Human IL-2 ARRE1 Promoter Element, Minus Strand
  • Human IL-2 ARRE1 Promoter Element, Plus Strand
  • Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
  • Proto-oncogene protein c-fos
  • Transcription factor AP-1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Beta Barrel / Protein-DNA Complex / Double Helix / Ternary / Complex / B-ZIP / Basic Leucine Zipper / Coiled Coil / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-term memory / lncRNA transcription / cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / integrated stress response signaling / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / mononuclear cell differentiation / cellular response to prolactin ...medium-term memory / lncRNA transcription / cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / integrated stress response signaling / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / mononuclear cell differentiation / cellular response to prolactin / myotube cell development / response to gravity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / calcineurin-NFAT signaling cascade / skeletal muscle cell proliferation / cellular response to zinc ion starvation / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / neural retina development / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / conditioned taste aversion / SMAD protein signal transduction / NGF-stimulated transcription / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation by host of viral transcription / myoblast proliferation / negative regulation of DNA binding / response to steroid hormone / cartilage development / cellular response to parathyroid hormone stimulus / response to corticosterone / positive regulation of myoblast fusion / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / nuclear chromosome / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Activation of the AP-1 family of transcription factors / skeletal muscle cell differentiation / R-SMAD binding / ubiquitin-like protein ligase binding / response to immobilization stress / Calcineurin activates NFAT / response to light stimulus / general transcription initiation factor binding / negative regulation by host of viral transcription / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / phosphatase binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to cAMP / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to muscle stretch / 14-3-3 protein binding / positive regulation of B cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / FCERI mediated Ca+2 mobilization / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / osteoclast differentiation / GTPase activator activity / cellular response to calcium ion / response to endoplasmic reticulum stress / transcription coregulator binding / response to progesterone / Regulation of PTEN gene transcription / response to activity / female pregnancy / cellular response to reactive oxygen species / B cell receptor signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FCERI mediated MAPK activation / response to insulin / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / protein-DNA complex / cerebral cortex development / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / response to toxic substance / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cell migration / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Oxidative Stress Induced Senescence / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
AP-1 transcription factor / Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...AP-1 transcription factor / Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein c-Fos / Transcription factor Jun / Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, D. / Stroud, J.C. / Chen, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human NFAT1 and Fos-Jun on the IL-2 ARRE1 Site
著者: Wang, D. / Stroud, J.C. / Chen, L.
履歴
登録2004年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human IL-2 ARRE1 Promoter Element, Plus Strand
B: Human IL-2 ARRE1 Promoter Element, Minus Strand
C: Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
D: Proto-oncogene protein c-fos
E: Transcription factor AP-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6465
ポリマ－56,6465
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.769, 86.260, 84.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 Human IL-2 ARRE1 Promoter Element, Plus Strand


分子量: 6211.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase synthesis
#2: DNA鎖 Human IL-2 ARRE1 Promoter Element, Minus Strand


分子量: 6050.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase synthesis
#3: タンパク質 Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2 / T cell transcription factor NFAT1 / NFAT pre-existing subunit / NF-ATp


分子量: 31874.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFATC2, NFAT1, NFATP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13469
#4: タンパク質 Proto-oncogene protein c-fos / Cellular oncogene fos / G0/G1 switch regulatory protein 7


分子量: 6370.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOS, G0S7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01100
#5: タンパク質 Transcription factor AP-1 / Activator protein 1 / AP1 / Proto-oncogene c-jun / V-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog / p39


分子量: 6139.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JUN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05412

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 300-400 mM Ammonium Acetate Salt, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium Acetate Salt11
2H2O11
3Ammonium Acetate Salt12
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1996年9月16日
放射モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 16689 / Num. obs: 16172 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / % possible all: 71.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2746 1443 Random
Rwork0.2423 --
all0.2423 15780 -
obs0.2423 14356 -
溶媒の処理Bsol: 18.2614 Å2 / ksol: 0.262883 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.522 Å20 Å2-1.978 Å2
2---19.397 Å20 Å2
3---8.875 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3073 814 0 0 3887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.1552
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.4882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.2032.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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