+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9021 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | DHF119 filament | |||||||||
マップデータ | DHF119 filament | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Protein design / filament / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Lynch EM / Shen H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: De novo design of self-assembling helical protein filaments. 著者: Hao Shen / Jorge A Fallas / Eric Lynch / William Sheffler / Bradley Parry / Nicholas Jannetty / Justin Decarreau / Michael Wagenbach / Juan Jesus Vicente / Jiajun Chen / Lei Wang / Quinton ...著者: Hao Shen / Jorge A Fallas / Eric Lynch / William Sheffler / Bradley Parry / Nicholas Jannetty / Justin Decarreau / Michael Wagenbach / Juan Jesus Vicente / Jiajun Chen / Lei Wang / Quinton Dowling / Gustav Oberdorfer / Lance Stewart / Linda Wordeman / James De Yoreo / Christine Jacobs-Wagner / Justin Kollman / David Baker / 要旨: We describe a general computational approach to designing self-assembling helical filaments from monomeric proteins and use this approach to design proteins that assemble into micrometer-scale ...We describe a general computational approach to designing self-assembling helical filaments from monomeric proteins and use this approach to design proteins that assemble into micrometer-scale filaments with a wide range of geometries in vivo and in vitro. Cryo-electron microscopy structures of six designs are close to the computational design models. The filament building blocks are idealized repeat proteins, and thus the diameter of the filaments can be systematically tuned by varying the number of repeat units. The assembly and disassembly of the filaments can be controlled by engineered anchor and capping units built from monomers lacking one of the interaction surfaces. The ability to generate dynamic, highly ordered structures that span micrometers from protein monomers opens up possibilities for the fabrication of new multiscale metamaterials. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9021.map.gz | 9.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9021-v30.xml emd-9021.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9021.png | 312.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9021.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9021 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9021_validation.pdf.gz | 432.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_9021_full_validation.pdf.gz | 432 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9021_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9021_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9021 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6e9zMC 9016C 9017C 9018C 9019C 9020C 6e9rC 6e9tC 6e9vC 6e9xC 6e9yC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | DHF119 filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DHF119 filament
全体 | 名称: DHF119 filament |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: DHF119 filament
超分子 | 名称: DHF119 filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: DHF119 filament
分子 | 名称: DHF119 filament / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 25.120242 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: PEDELKRVEK LVKEAEALLI VAKIKGSKRD LEKALRTAEE AAREAVKVLV QALLEGDPEV ALRAVELVVR VAELLLRIAK ESGSREALL RALIVAEEAA KLAKMVLELA EKQGDPEVAL RAVELVVRVA ELLLRIAKES GSEEALERAL RVAEEAARLA K RVLELAEE ...文字列: PEDELKRVEK LVKEAEALLI VAKIKGSKRD LEKALRTAEE AAREAVKVLV QALLEGDPEV ALRAVELVVR VAELLLRIAK ESGSREALL RALIVAEEAA KLAKMVLELA EKQGDPEVAL RAVELVVRVA ELLLRIAKES GSEEALERAL RVAEEAARLA K RVLELAEE QGDPLVAKMA VELVKRVAEL LERIARESGS EEAKERAERV REEARELQER VKELRER |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 90.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 14.3312 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 43.5023 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 63067 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-6e9z: |