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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7300 | |||||||||
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タイトル | Atomic resolution structure of human bufavirus 1 | |||||||||
マップデータ | Atomic resolution structure of human bufavirus 1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | parvovirus / protoparvovirus / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bufavirus-1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Mietzsch M / Agbandje-McKenna M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2018 タイトル: Atomic Resolution Structures of Human Bufaviruses Determined by Cryo-Electron Microscopy. 著者: Maria Ilyas / Mario Mietzsch / Shweta Kailasan / Elina Väisänen / Mengxiao Luo / Paul Chipman / J Kennon Smith / Justin Kurian / Duncan Sousa / Robert McKenna / Maria Söderlund-Venermo / ...著者: Maria Ilyas / Mario Mietzsch / Shweta Kailasan / Elina Väisänen / Mengxiao Luo / Paul Chipman / J Kennon Smith / Justin Kurian / Duncan Sousa / Robert McKenna / Maria Söderlund-Venermo / Mavis Agbandje-McKenna / 要旨: Bufavirus strain 1 (BuV1), a member of the genus of the , was first isolated from fecal samples of children with acute diarrhea in Burkina Faso. Since this initial discovery, BuVs have been isolated ...Bufavirus strain 1 (BuV1), a member of the genus of the , was first isolated from fecal samples of children with acute diarrhea in Burkina Faso. Since this initial discovery, BuVs have been isolated in several countries, including Finland, the Netherlands, and Bhutan, in pediatric patients exhibiting similar symptoms. Towards their characterization, the structures of virus-like particles of BuV1, BuV2, and BuV3, the current known genotypes, have been determined by cryo-electron microscopy and image reconstruction to 2.84, 3.79, and 3.25 Å, respectively. The BuVs, 65-73% identical in amino acid sequence, conserve the major viral protein, VP2, structure and general capsid surface features of parvoviruses. These include a core β-barrel (βB-βI), α-helix A, and large surface loops inserted between these elements in VP2. The capsid contains depressions at the icosahedral 2-fold and around the 5-fold axes, and has three separated protrusions surrounding the 3-fold axes. Structure comparison among the BuVs and to available parvovirus structures revealed capsid surface variations and capsid 3-fold protrusions that depart from the single pinwheel arrangement of the animal protoparvoviruses. These structures provide a platform to begin the molecular characterization of these potentially pathogenic viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7300.map.gz | 85.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7300-v30.xml emd-7300.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7300.png | 321 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7300.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7300 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7300 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7300_validation.pdf.gz | 509.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7300_full_validation.pdf.gz | 508.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7300_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7300_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7300 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7300 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7300.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 264.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Atomic resolution structure of human bufavirus 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bufavirus-1
全体 | 名称: Bufavirus-1 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Bufavirus-1
超分子 | 名称: Bufavirus-1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1209382 / 生物種: Bufavirus-1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 4 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: BuV1 capsid |
-分子 #1: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bufavirus-1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 61.567953 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: SGVGHSTGNY NNRTEFYYHG DEVTIVCHSS RHIHLNMSES EEYKIYDTDR GPRFPTDQTL QGRDTINDSY HAQVETPWFL INPNSWGTW MNPADFQQLT TTCREVTLEH LDQTLDNIVI KTVSKQGSGA EETTQYNNDL TALLQVALDK SNQLPWVADN M YLDSLGYI ...文字列: SGVGHSTGNY NNRTEFYYHG DEVTIVCHSS RHIHLNMSES EEYKIYDTDR GPRFPTDQTL QGRDTINDSY HAQVETPWFL INPNSWGTW MNPADFQQLT TTCREVTLEH LDQTLDNIVI KTVSKQGSGA EETTQYNNDL TALLQVALDK SNQLPWVADN M YLDSLGYI PWRPCKLKQY SYHVNFWNTI DIISGPQQNQ WQQVKKEIRW DDLQFTPIET TTEIDLLRTG DSWTSGPYKF NT KPTQLSY HWQSTRHTGS VHPTDPPNAI GQQGQNIRDI NGWQWGDRSD PMSAATRVSN FHIGYSWPEW RIHYGSGGPA INP GAPFSQ APWSTDPQVR LTQGASEKAI FDYNHGDDDP AHRDQWWQNN LPITGQTNWA PKNAHQANLS SNVPSRQEFW TQDY HNTFG PFTAVDDVGI QYPWGAIWTK TPDTTHKPMM SAHAPFICKD GPPGQLLVKL APNYTENLQT DGLGNNRIVT YATFW WTGK LILKGKLRLP RQFNLYNLPG RPRGTEAKKF LPNEIGHFEL PFMPGRCMPN YTM UniProtKB: VP2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-30 / 実像数: 1961 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6bwx: |