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万見
- EMDB-7290: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7290
タイトルDrosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA
マップデータDrosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA substrate
試料
  • 複合体: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2, isoform A
    • RNA: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*C)-3')
キーワードDicer / Dcr2 / Dcr-2 / dmDcr-2 / Dicer-2 / helicase / dsRNA / RNA / RNA BINDING PROTEIN / rna binding protein-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Toll signaling pathway / lncRNA catabolic process / RNAi-mediated antiviral immune response / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / apoptotic DNA fragmentation / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / detection of virus / RISC-loading complex ...positive regulation of Toll signaling pathway / lncRNA catabolic process / RNAi-mediated antiviral immune response / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / apoptotic DNA fragmentation / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / detection of virus / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / siRNA processing / siRNA binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of innate immune response / RISC complex / positive regulation of defense response to virus by host / mRNA 3'-UTR binding / helicase activity / locomotory behavior / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / heterochromatin formation / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain ...: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dcr-2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Shen PS / Sinha NK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121706 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Dicer uses distinct modules for recognizing dsRNA termini.
著者: Niladri K Sinha / Janet Iwasa / Peter S Shen / Brenda L Bass /
要旨: Invertebrates rely on Dicer to cleave viral double-stranded RNA (dsRNA), and Dicer-2 distinguishes dsRNA substrates by their termini. Blunt termini promote processive cleavage, while 3' overhanging ...Invertebrates rely on Dicer to cleave viral double-stranded RNA (dsRNA), and Dicer-2 distinguishes dsRNA substrates by their termini. Blunt termini promote processive cleavage, while 3' overhanging termini are cleaved distributively. To understand this discrimination, we used cryo-electron microscopy to solve structures of Dicer-2 alone and in complex with blunt dsRNA. Whereas the Platform-PAZ domains have been considered the only Dicer domains that bind dsRNA termini, unexpectedly, we found that the helicase domain is required for binding blunt, but not 3' overhanging, termini. We further showed that blunt dsRNA is locally unwound and threaded through the helicase domain in an adenosine triphosphate-dependent manner. Our studies reveal a previously unrecognized mechanism for optimizing antiviral defense and set the stage for the discovery of helicase-dependent functions in other Dicers.
履歴
登録2017年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月27日-
マップ公開2017年12月27日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bu9
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7290.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA substrate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 200 pix.
= 238.6 Å		1.19 Å/pix.
x 200 pix.
= 238.6 Å		1.19 Å/pix.
x 200 pix.
= 238.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.193 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.0105500575 - 0.057273593
平均 (標準偏差)0.00020151319 (±0.0020879514)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 238.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1931.1931.193
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z238.600238.600238.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0110.0570.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA

全体名称: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA
要素
  • 複合体: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2, isoform A
    • RNA: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*C)-3')

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超分子 #1: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA

超分子名称: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Dicer-2, isoform A

分子名称: Dicer-2, isoform A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease III
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 198.074797 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPMEDVEIKP RGYQLRLVDH LTKSNGIVYL PTGSGKTFVA ILVLKRFSQD FDKPIESGGK RALFMCNTVE LARQQAMAVR RCTNFKVGF YVGEQGVDDW TRGMWSDEIK KNQVLVGTAQ VFLDMVTQTY VALSSLSVVI IDECHHGTGH HPFREFMRLF T IANQTKLP ...文字列:
GPMEDVEIKP RGYQLRLVDH LTKSNGIVYL PTGSGKTFVA ILVLKRFSQD FDKPIESGGK RALFMCNTVE LARQQAMAVR RCTNFKVGF YVGEQGVDDW TRGMWSDEIK KNQVLVGTAQ VFLDMVTQTY VALSSLSVVI IDECHHGTGH HPFREFMRLF T IANQTKLP RVVGLTGVLI KGNEITNVAT KLKELEITYR GNIITVSDTK EMENVMLYAT KPTEVMVSFP HQEQVLTVTR LI SAEIEKF YVSLDLMNIG VQPIRRSKSL QCLRDPSKKS FVKQLFNDFL YQMKEYGIYA ASIAIISLIV EFDIKRRQAE TLS VKLMHR TALTLCEKIR HLLVQKLQDM TYDDDDDNVN TEEVIMNFST PKVQRFLMSL KVSFADKDPK DICCLVFVER RYTC KCIYG LLLNYIQSTP ELRNVLTPQF MVGRNNISPD FESVLERKWQ KSAIQQFRDG NANLMICSSV LEEGIDVQAC NHVFI LDPV KTFNMYVQSK GRARTTEAKF VLFTADKERE KTIQQIYQYR KAHNDIAEYL KDRVLEKTEP ELYEIKGHFQ DDIDPF TNE NGAVLLPNNA LAILHRYCQT IPTDAFGFVI PWFHVLQEDE RDRIFGVSAK GKHVISINMP VNCMLRDTIY SDPMDNV KT AKISAAFKAC KVLYSLGELN ERFVPKTLKE RVASIADVHF EHWNKYGDSV TATVNKADKS KDRTYKTECP LEFYDALP R VGEICYAYEI FLEPQFESCE YTEHMYLNLQ TPRNYAILLR NKLPRLAEMP LFSNQGKLHV RVANAPLEVI IQNSEQLEL LHQFHGMVFR DILKIWHPFF VLDRRSKENS YLVVPLILGA GEQKCFDWEL MTNFRRLPQS HGSNVQQREQ QPAPRPEDFE GKIVTQWYA NYDKPMLVTK VHRELTPLSY MEKNQQDKTY YEFTMSKYGN RIGDVVHKDK FMIEVRDLTE QLTFYVHNRG K FNAKSKAK MKVILIPELC FNFNFPGDLW LKLIFLPSIL NRMYFLLHAE ALRKRFNTYL NLHLLPFNGT DYMPRPLEID YS LKRNVDP LGNVIPTEDI EEPKSLLEPM PTKSIEASVA NLEITEFENP WQKYMEPVDL SRNLLSTYPV ELDYYYHFSV GNV CEMNEM DFEDKEYWAK NQFHMPTGNI YGNRTPAKTN ANVPALMPSK PTVRGKVKPL LILQKTVSKE HITPAEQGEF LAAI TASSA ADVFDMERLE ILGASFLKLS ATLYLASKYS DWNEGTLTEV KSKLVSNRNL LFCLIDADIP KTLNTIQFTP RYTWL PPGI SLPHNVLALW RENPEFAKII GPHNLRDLAL GDEESLVKGN CSDINYNRFV EGCRANGQSF YAGADFSSEV NFCVGL VTI PNKVIADTLE ALLGVIVKNY GLQHAFKMLE YFKICRADID KPLTQLLNLE LGGKKMRANV NTTEIDGFLI NHYYLEK NL GYTFKDRRYL LQALTHPSYP TNRITGSYQE LEFIGAAILD FLISAYIFEN NTKMNPGALT DLRSALVNNT TLACICVR H RLHFFILAEN AKLSEIISKF VNFQESQGHR VTNYVRILLE EADVQPTPLD LDDELDMTEL PHANKCISQE AEKGVPPKG EFNMSTNVDV PKALGDVLEA LIAAVYLDCR DLQRTWEVIF NLFEPELQEF TRKVPINHIR QLVEHKHAKP VFSSPIVEGE TVMVSCQFT CMEKTIKVYG FGSNKDQAKL SAAKHALQQL SKCDA

UniProtKB: Endoribonuclease Dcr-2

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分子 #2: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*...

分子名称: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 16.781023 KDa
配列文字列:
GGAGGUAGUA GGUUGUAUAG UAGUAAGACC AGACCCUAGA CCAAUUCAUG CC

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分子 #3: RNA (5'-R(*AP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*AP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*C)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 16.528768 KDa
配列文字列:
GGCAUGAAUU GGUCUAGGGU CUGGUCUUAC UACUAUACAA CCUACUACCU CC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4a36

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19445
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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