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- EMDB-43559: rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43559
タイトルrat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement
マップデータ
試料
  • 複合体: rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
    • タンパク質・ペプチド: 003-102 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: 003-102 Light
キーワードChannel / heterotetramer / receptor / antibody / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pons maturation / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / olfactory learning / dendritic branch / conditioned taste aversion / regulation of respiratory gaseous exchange / protein localization to postsynaptic membrane ...pons maturation / positive regulation of Schwann cell migration / regulation of cell communication / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / olfactory learning / dendritic branch / conditioned taste aversion / regulation of respiratory gaseous exchange / protein localization to postsynaptic membrane / propylene metabolic process / response to glycine / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / voltage-gated monoatomic cation channel activity / Synaptic adhesion-like molecules / NMDA glutamate receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / parallel fiber to Purkinje cell synapse / NMDA selective glutamate receptor complex / response to morphine / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate binding / neuromuscular process / protein heterotetramerization / regulation of synapse assembly / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / glycine binding / male mating behavior / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / suckling behavior / startle response / response to amine / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / associative learning / monoatomic cation transport / social behavior / excitatory synapse / ligand-gated monoatomic ion channel activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / cellular response to glycine / positive regulation of dendritic spine maintenance / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / cellular response to manganese ion / phosphatase binding / glutamate receptor binding / long-term memory / regulation of neuron apoptotic process / prepulse inhibition / monoatomic cation channel activity / calcium ion homeostasis / glutamate-gated receptor activity / synaptic cleft / response to fungicide / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / sensory perception of pain / response to amphetamine / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / learning / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / visual learning / calcium channel activity / regulation of synaptic plasticity / terminal bouton / response to organic cyclic compound / cerebral cortex development / memory / synaptic vesicle membrane / response to calcium ion / intracellular calcium ion homeostasis / neuron cellular homeostasis / calcium ion transport / rhythmic process / synaptic vesicle / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / protein-containing complex assembly / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / dendritic spine / postsynaptic density / learning or memory
類似検索 - 分子機能
Gliding motility-associated protein, GldL / GldL N-terminal domain / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Gliding motility-associated protein, GldL / GldL N-terminal domain / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Gliding motility protein GldL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Michalski K / Furukawa H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NS11745, MH085926, F32MH121061, NS113632 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and functional mechanisms of anti-NMDAR autoimmune encephalitis.
著者: Kevin Michalski / Taha Abdulla / Sam Kleeman / Lars Schmidl / Ricardo Gómez / Noriko Simorowski / Francesca Vallese / Harald Prüss / Manfred Heckmann / Christian Geis / Hiro Furukawa /
要旨: Autoantibodies against neuronal membrane proteins can manifest in autoimmune encephalitis, inducing seizures, cognitive dysfunction and psychosis. Anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) ...Autoantibodies against neuronal membrane proteins can manifest in autoimmune encephalitis, inducing seizures, cognitive dysfunction and psychosis. Anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) encephalitis is the most dominant autoimmune encephalitis; however, insights into how autoantibodies recognize and alter receptor functions remain limited. Here we determined structures of human and rat NMDARs bound to three distinct patient-derived antibodies using single-particle electron cryo-microscopy. These antibodies bind different regions within the amino-terminal domain of the GluN1 subunit. Through electrophysiology, we show that all three autoantibodies acutely and directly reduced NMDAR channel functions in primary neurons. Antibodies show different stoichiometry of binding and antibody-receptor complex formation, which in one antibody, 003-102, also results in reduced synaptic localization of NMDARs. These studies demonstrate mechanisms of diverse epitope recognition and direct channel regulation of anti-NMDAR autoantibodies underlying autoimmune encephalitis.
履歴
登録2024年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43559.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.9251208 - 1.2284106
平均 (標準偏差)0.00025324264 (±0.014925408)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 342.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43559_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43559_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement

全体名称: rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement
要素
  • 複合体: rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
    • タンパク質・ペプチド: 003-102 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: 003-102 Light

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超分子 #1: rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement

超分子名称: rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 41.352012 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KIVNIGAVLS TRKHEQMFRE AVNQANKRHG SWKIQLQATS VTHKPNAIQM ALSVCEDLIS SQVYAILVSH PPTPNDHFTP TPVSYTAGF YRIPVLGLTT RMSIYSDKSI HLSFLRTVPP YSHQSSVWFE MMRVYNWNHI ILLVSDDHEG RAAQKRLETL L EERESKAE ...文字列:
KIVNIGAVLS TRKHEQMFRE AVNQANKRHG SWKIQLQATS VTHKPNAIQM ALSVCEDLIS SQVYAILVSH PPTPNDHFTP TPVSYTAGF YRIPVLGLTT RMSIYSDKSI HLSFLRTVPP YSHQSSVWFE MMRVYNWNHI ILLVSDDHEG RAAQKRLETL L EERESKAE KVLQFDPGTK NVTALLMEAR ELEARVIILS ASEDDAATVY RAAAMLDMTG SGYVWLVGER EISGNALRYA PD GIIGLQL INGKNESAHI SDAVGVVAQA VHELLEKENI TDPPRGCVGN TNIWKTGPLF KRVLMSSKYA DGVTGRVEFN EDG DRKFAQ YSIMNLQNRK LVQVGIYNGT HVIPNDRKII WPGGETEKPR GYQ

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

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分子 #2: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 40.103426 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SIGIAVILVG TSDEVAIKDA HEKDDFHHLS VVPRVELVAM NETDPKSIIT RICDLMSDRK IQGVVFADDT DQEAIAQILD FISAQTLTP ILGIHGGSSM IMADKDESSM FFQFGPSIEQ QASVMLNIME EYDWYIFSIV TTYFPGYQDF VNKIRSTIEN S FVGWELEE ...文字列:
SIGIAVILVG TSDEVAIKDA HEKDDFHHLS VVPRVELVAM NETDPKSIIT RICDLMSDRK IQGVVFADDT DQEAIAQILD FISAQTLTP ILGIHGGSSM IMADKDESSM FFQFGPSIEQ QASVMLNIME EYDWYIFSIV TTYFPGYQDF VNKIRSTIEN S FVGWELEE VLLLDMSLDD GDSKIQNQLK KLQSPIILLY CTKEEATYIF EVANSVGLTG YGYTWIVPSL VAGDTDTVPS EF PTGLISV SYDEWDYGLP ARVRDGIAII TTAASDMLSE HSFIPEPKSS CYNTHEKRIY QSNMLNRYLI NVTFEGRDLS FSE EGYQMH PKLVIILLNK ERKWERVGKW KDKSLQMK

UniProtKB: Gliding motility protein GldL

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分子 #3: 003-102 Heavy

分子名称: 003-102 Heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.477862 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LQLQESGPGL VKPSQTLSLT CTVSGGSISS SNWWSWVRQP PGKGLEWIGE IYHSGNTNYN PSLKSRVTVS VDKSKNQFSL KLTSVTAAD TAVYYCARDV SGGVNWFDPW GQGTLV

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分子 #4: 003-102 Light

分子名称: 003-102 Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.582475 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
NFMLTQPHSV SESPGKTVTI SCTRSSGSIA SNYVQWYQQR PGSAPTTVIY EDNQRPSGVP DRFSGSIDSS SNSASLTISG LKTEDEADY YCQSYDSSTV VFGGGTKLT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 516895
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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