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- EMDB-43541: Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43541
タイトルHuman GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD
マップデータ
試料
  • 複合体: Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: 007-168 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: 007-168 Light
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
キーワードReceptor / antibody / ion channel / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / Activated NTRK2 signals through FYN / Synaptic adhesion-like molecules / response to glycine / propylene metabolic process / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity ...glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / Activated NTRK2 signals through FYN / Synaptic adhesion-like molecules / response to glycine / propylene metabolic process / negative regulation of dendritic spine maintenance / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / neurotransmitter receptor complex / NMDA selective glutamate receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate receptor signaling pathway / glutamate binding / protein heterotetramerization / glycine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / Long-term potentiation / monoatomic cation transport / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / monoatomic ion channel complex / synaptic cleft / calcium ion homeostasis / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / EPHB-mediated forward signaling / sodium ion transmembrane transport / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / postsynaptic density membrane / terminal bouton / brain development / visual learning / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / long-term synaptic potentiation / late endosome / synaptic vesicle / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / RAF/MAP kinase cascade / chemical synaptic transmission / dendritic spine / response to ethanol / postsynaptic membrane / cytoskeleton / learning or memory / lysosome / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / synapse / dendrite / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Michalski K / Furukawa H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NS11745, MH085926, F32MH121061 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and functional mechanisms of anti-NMDAR autoimmune encephalitis.
著者: Kevin Michalski / Taha Abdulla / Sam Kleeman / Lars Schmidl / Ricardo Gómez / Noriko Simorowski / Francesca Vallese / Harald Prüss / Manfred Heckmann / Christian Geis / Hiro Furukawa /
要旨: Autoantibodies against neuronal membrane proteins can manifest in autoimmune encephalitis, inducing seizures, cognitive dysfunction and psychosis. Anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) ...Autoantibodies against neuronal membrane proteins can manifest in autoimmune encephalitis, inducing seizures, cognitive dysfunction and psychosis. Anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) encephalitis is the most dominant autoimmune encephalitis; however, insights into how autoantibodies recognize and alter receptor functions remain limited. Here we determined structures of human and rat NMDARs bound to three distinct patient-derived antibodies using single-particle electron cryo-microscopy. These antibodies bind different regions within the amino-terminal domain of the GluN1 subunit. Through electrophysiology, we show that all three autoantibodies acutely and directly reduced NMDAR channel functions in primary neurons. Antibodies show different stoichiometry of binding and antibody-receptor complex formation, which in one antibody, 003-102, also results in reduced synaptic localization of NMDARs. These studies demonstrate mechanisms of diverse epitope recognition and direct channel regulation of anti-NMDAR autoantibodies underlying autoimmune encephalitis.
履歴
登録2024年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43541.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 303.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 430 pix.
= 368.08 Å		0.86 Å/pix.
x 430 pix.
= 368.08 Å		0.86 Å/pix.
x 430 pix.
= 368.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.103
最小 - 最大-1.0762062 - 1.5457541
平均 (標準偏差)0.0006724378 (±0.017290961)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ430430430
Spacing430430430
セルA=B=C: 368.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43541_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43541_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD

全体名称: Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD
要素
  • 複合体: Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: 007-168 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: 007-168 Light
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

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超分子 #1: Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD

超分子名称: Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.549199 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DPKIVNIGAV LSTRKHEQMF REAVNQANKR HGSWKIQLNA TSVTHKPNAI QMALSVCEDL ISSQVYAILV SHPPTPNDHF TPTPVSYTA GFYRIPVLGL TTRMSIYSDK SIHLSFLRTV PPYSHQSSVW FEMMRVYNWN HIILLVSDDH EGRAAQKRLE T LLEERESK ...文字列:
DPKIVNIGAV LSTRKHEQMF REAVNQANKR HGSWKIQLNA TSVTHKPNAI QMALSVCEDL ISSQVYAILV SHPPTPNDHF TPTPVSYTA GFYRIPVLGL TTRMSIYSDK SIHLSFLRTV PPYSHQSSVW FEMMRVYNWN HIILLVSDDH EGRAAQKRLE T LLEERESK AEKVLQFDPG TKNVTALLME ARELEARVII LSASEDDAAT VYRAAAMLNM TGSGYVWLVG EREISGNALR YA PDGIIGL QLINGKNESA HISDAVGVVA QAVHELLEKE NITDPPRGCV GNTNIWKTGP LFKRVLMSSK YADGVTGRVE FNE DGDRKF AQYSIMNLQN RKLVQVGIYN GTHVIPNDRK IIWPGGETEK PRGYQ

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

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分子 #2: 007-168 Heavy

分子名称: 007-168 Heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.52225 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE AKKPGESLKI SCKASGYSFT TFWIGWVRQM PGSGLEWIGI IYPGDSDTRY SPSFQGHVTI SADRSTSTAY LQWSSLKAS DTAMYYCARS AVFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG V HTFPAVLQ ...文字列:
QVQLVQSGAE AKKPGESLKI SCKASGYSFT TFWIGWVRQM PGSGLEWIGI IYPGDSDTRY SPSFQGHVTI SADRSTSTAY LQWSSLKAS DTAMYYCARS AVFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG V HTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPK

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分子 #3: 007-168 Light

分子名称: 007-168 Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.455982 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGGRAT LSCRASQSVS SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPV RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPTSWT FGQGTKLEIK RTAAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGGRAT LSCRASQSVS SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPV RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPTSWT FGQGTKLEIK RTAAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKLYACEV THQGLSSPVT KSFNRGE

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分子 #4: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.358699 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SAPSIGIAVI LVGTSDEVAI KDAHEKDDFH HLSVVPRVEL VAMNETDPKS IITRICDLMS DRKIQGVVFA DDTDQEAIAQ ILDFISAQT LTPILGIHGG SSMIMADKDE SSMFFQFGPS IEQQASVMLN IMEEYDWYIF SIVTTYFPGY QDFVNKIRST I ENSFVGWE ...文字列:
SAPSIGIAVI LVGTSDEVAI KDAHEKDDFH HLSVVPRVEL VAMNETDPKS IITRICDLMS DRKIQGVVFA DDTDQEAIAQ ILDFISAQT LTPILGIHGG SSMIMADKDE SSMFFQFGPS IEQQASVMLN IMEEYDWYIF SIVTTYFPGY QDFVNKIRST I ENSFVGWE LEEVLLLDMS LDDGDSKIQN QLKKLQSPII LLYCTKEEAT YIFEVANSVG LTGYGYTWIV PSLVAGDTDT VP SEFPTGL ISVSYDEWDY GLPARVRDGI AIITTAASDM LSEHSFIPEP KSSCYNTHEK RIYQSNMLNR YLINVTFEGR DLS FSEEGY QMHPKLVIIL LNKERKWERV GKWKDKSLQM K

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270651
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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