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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3866 | |||||||||
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タイトル | Sacbrood virus of honeybee - expansion state I | |||||||||
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![]() | empty particle / icosahedral virus particle / iflavirus / expanded particle / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis ...host cell membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å | |||||||||
![]() | Plevka P / Prochazkova M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Virion structure and genome delivery mechanism of sacbrood honeybee virus. 著者: Michaela Procházková / Tibor Füzik / Karel Škubník / Jana Moravcová / Zorica Ubiparip / Antonín Přidal / Pavel Plevka / ![]() 要旨: Infection by sacbrood virus (SBV) from the family Iflaviridae is lethal to honey bee larvae but only rarely causes the collapse of honey bee colonies. Despite the negative effect of SBV on honey ...Infection by sacbrood virus (SBV) from the family Iflaviridae is lethal to honey bee larvae but only rarely causes the collapse of honey bee colonies. Despite the negative effect of SBV on honey bees, the structure of its particles and mechanism of its genome delivery are unknown. Here we present the crystal structure of SBV virion and show that it contains 60 copies of a minor capsid protein (MiCP) attached to the virion surface. No similar MiCPs have been previously reported in any of the related viruses from the order Picornavirales. The location of the MiCP coding sequence within the SBV genome indicates that the MiCP evolved from a C-terminal extension of a major capsid protein by the introduction of a cleavage site for a virus protease. The exposure of SBV to acidic pH, which the virus likely encounters during cell entry, induces the formation of pores at threefold and fivefold axes of the capsid that are 7 Å and 12 Å in diameter, respectively. This is in contrast to vertebrate picornaviruses, in which the pores along twofold icosahedral symmetry axes are currently considered the most likely sites for genome release. SBV virions lack VP4 subunits that facilitate the genome delivery of many related dicistroviruses and picornaviruses. MiCP subunits induce liposome disruption in vitro, indicating that they are functional analogs of VP4 subunits and enable the virus genome to escape across the endosome membrane into the cell cytoplasm. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 38.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 280.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() | 51.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6egxMC ![]() 3863C ![]() 3865C ![]() 3867C ![]() 3881C ![]() 5lsfC ![]() 5oypC ![]() 6egvC ![]() 6eh1C ![]() 6eiwC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: emd 3866 additional.map
ファイル | emd_3866_additional.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Sacbrood virus
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Sacbrood virus
超分子 | 名称: Sacbrood virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Isolated from honeybee pupae / NCBI-ID: 89463 / 生物種: Sacbrood virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 274.96 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: structural protein VP1
分子 | 名称: structural protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.1515 KDa |
配列 | 文字列: FSDGVTAMGF QSLDTQVSIK DILRRPVLLF NHVELDPDYT GFFIPIMPPS RMMQYKSGDK ETSFQRLIGR TPQAAIMNLF RFWRGSLRY TIIIHSTDGH PIYVTHVPHT GNRVYGLMKV NNLHEYTKVP IFGCGLTTEM IIPSVNPSIC VEVPFDTENN W AVTFDEDA ...文字列: FSDGVTAMGF QSLDTQVSIK DILRRPVLLF NHVELDPDYT GFFIPIMPPS RMMQYKSGDK ETSFQRLIGR TPQAAIMNLF RFWRGSLRY TIIIHSTDGH PIYVTHVPHT GNRVYGLMKV NNLHEYTKVP IFGCGLTTEM IIPSVNPSIC VEVPFDTENN W AVTFDEDA QRNYSWRDKG DTVTGHLVVT PVVSVYMSVW VEAGDDFEVS NFYGPPSVKT NDWNYAFSDE H UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: structural protein VP2
分子 | 名称: structural protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.563734 KDa |
配列 | 文字列: GDLVIASSEP TQQFRSLTNR WMPINSIRVT VNGKRNDLLA QYYIPEDFLS THAKCAPNTI PFETYVYGKY ELEMKFVANG NKFQCGKVI ISVKFDSYQA DNINTGFQAA LSRPHIMLDL STNNEGVLKI PFRYHRAFVR NQTHKTATAG VRPGKFASIY V QVLSPLQT ...文字列: GDLVIASSEP TQQFRSLTNR WMPINSIRVT VNGKRNDLLA QYYIPEDFLS THAKCAPNTI PFETYVYGKY ELEMKFVANG NKFQCGKVI ISVKFDSYQA DNINTGFQAA LSRPHIMLDL STNNEGVLKI PFRYHRAFVR NQTHKTATAG VRPGKFASIY V QVLSPLQT GEGGANDMFI RPFYRYTRAE FAGMSYKVPL T UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: structural protein VP3
分子 | 名称: structural protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 30.701373 KDa |
配列 | 文字列: DKPKDVSSIT IIPKPRLGFP HGKGKSDAVA MRVNPVALTS FQDVSAYPDE PRTTLDIARI WGLRSTFNWG SGDEHGKELF NTVLDPGLR FYDQDYEGQI TPMEYVTGLY NFWSGPIELR FDFVSNAFHT GTVIISAEYN RSSTNTDECQ SHSTYTKTFH L GEQKSVHF ...文字列: DKPKDVSSIT IIPKPRLGFP HGKGKSDAVA MRVNPVALTS FQDVSAYPDE PRTTLDIARI WGLRSTFNWG SGDEHGKELF NTVLDPGLR FYDQDYEGQI TPMEYVTGLY NFWSGPIELR FDFVSNAFHT GTVIISAEYN RSSTNTDECQ SHSTYTKTFH L GEQKSVHF TVPYIYDTVV RRNTASAYLP VTDYDKVDNV SRAQAMGIRA ESKMRVKVRV VNVLRPVAST TSTIEVLVYM RG GKNYALH GLKQSTYWPS NSVVPIDSFP PDGYDP UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: minor capsid protein MiCP
分子 | 名称: minor capsid protein MiCP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 3.107398 KDa |
配列 | 文字列: DNPHRFLPAN VSNRWNEYSS AYLPRV UniProtKB: Structural protein Vp1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 15 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 5.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | Preliminar grid screening was performed manually on FEI Tecnai F20 (cryo stage). |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-16 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 74325 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 114.26 / 当てはまり具合の基準: R-factor |
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得られたモデル | ![]() PDB-6egx: |