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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38637 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with 5uM Tigecycline (focusing on 28S ribosome head) | |||||||||
マップデータ | refined map from Multibody refinement focusing on 28S mitoribosome head | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / Tigecycline / antibiotic / CCDC124 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Li X / Wang M / Cheng J | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for differential inhibition of eukaryotic ribosomes by tigecycline. 著者: Xiang Li / Mengjiao Wang / Timo Denk / Robert Buschauer / Yi Li / Roland Beckmann / Jingdong Cheng / 要旨: Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, ...Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, even though it is also cytotoxic for human cells, the molecular mechanism of its inhibition remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of tigecycline-bound human mitochondrial 55S, 39S, cytoplasmic 80S and yeast cytoplasmic 80S ribosomes. We find that at clinically relevant concentrations, tigecycline effectively targets human 55S mitoribosomes, potentially, by hindering A-site tRNA accommodation and by blocking the peptidyl transfer center. In contrast, tigecycline does not bind to human 80S ribosomes under physiological concentrations. However, at high tigecycline concentrations, in addition to blocking the A-site, both human and yeast 80S ribosomes bind tigecycline at another conserved binding site restricting the movement of the L1 stalk. In conclusion, the observed distinct binding properties of tigecycline may guide new pathways for drug design and therapy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38637.map.gz | 147.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38637-v30.xml emd-38637.xml | 26.3 KB 26.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38637.png | 89.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38637.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_38637_additional_1.map.gz emd_38637_half_map_1.map.gz emd_38637_half_map_2.map.gz | 156.3 MB 142.7 MB 142.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38637 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38637 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38637_validation.pdf.gz | 829.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38637_full_validation.pdf.gz | 828.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38637_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38637_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38637 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38637 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | refined map from Multibody refinement focusing on 28S mitoribosome head | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: local resolution filtered map using Relion
ファイル | emd_38637_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | local resolution filtered map using Relion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38637_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38637_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 55S ribosome with tigecycline
全体 | 名称: 55S ribosome with tigecycline |
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要素 |
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-超分子 #1: 55S ribosome with tigecycline
超分子 | 名称: 55S ribosome with tigecycline / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#86 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Relion |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 122982 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Relion |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Relion |