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万見
- EMDB-3781: TET12SN density map (Design of in vivo self-assembling coiled-coi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3781
タイトルTET12SN density map (Design of in vivo self-assembling coiled-coil protein origami)
マップデータBioorigami coiled-coil tetrahedron TET12SN.
試料
  • 複合体: TET12SN
生物種Designed protein (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Melero R / Carazo JM
引用ジャーナル: Nat Biotechnol / 年: 2017
タイトル: Design of coiled-coil protein-origami cages that self-assemble in vitro and in vivo.
著者: Ajasja Ljubetič / Fabio Lapenta / Helena Gradišar / Igor Drobnak / Jana Aupič / Žiga Strmšek / Duško Lainšček / Iva Hafner-Bratkovič / Andreja Majerle / Nuša Krivec / Mojca Benčina ...著者: Ajasja Ljubetič / Fabio Lapenta / Helena Gradišar / Igor Drobnak / Jana Aupič / Žiga Strmšek / Duško Lainšček / Iva Hafner-Bratkovič / Andreja Majerle / Nuša Krivec / Mojca Benčina / Tomaž Pisanski / Tanja Ćirković Veličković / Adam Round / José María Carazo / Roberto Melero / Roman Jerala /
要旨: Polypeptides and polynucleotides are natural programmable biopolymers that can self-assemble into complex tertiary structures. We describe a system analogous to designed DNA nanostructures in which ...Polypeptides and polynucleotides are natural programmable biopolymers that can self-assemble into complex tertiary structures. We describe a system analogous to designed DNA nanostructures in which protein coiled-coil (CC) dimers serve as building blocks for modular de novo design of polyhedral protein cages that efficiently self-assemble in vitro and in vivo. We produced and characterized >20 single-chain protein cages in three shapes-tetrahedron, four-sided pyramid, and triangular prism-with the largest containing >700 amino-acid residues and measuring 11 nm in diameter. Their stability and folding kinetics were similar to those of natural proteins. Solution small-angle X-ray scattering (SAXS), electron microscopy (EM), and biophysical analysis confirmed agreement of the expressed structures with the designs. We also demonstrated self-assembly of a tetrahedral structure in bacteria, mammalian cells, and mice without evidence of inflammation. A semi-automated computational design platform and a toolbox of CC building modules are provided to enable the design of protein cages in any polyhedral shape.
履歴
登録2017年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月16日-
マップ公開2017年10月18日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0559
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0559
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bioorigami coiled-coil tetrahedron TET12SN.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.84 Å/pix.
x 100 pix.
= 284. Å		2.84 Å/pix.
x 100 pix.
= 284. Å		2.84 Å/pix.
x 100 pix.
= 284. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0559 / ムービー #1: 0.0559
最小 - 最大-0.047377944 - 0.25644943
平均 (標準偏差)0.0002109636 (±0.013649056)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 284.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.842.842.84
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z284.000284.000284.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0470.2560.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TET12SN

全体名称: TET12SN
要素
  • 複合体: TET12SN

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超分子 #1: TET12SN

超分子名称: TET12SN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Coiled coil single chain protein origami tetrahedron composed of soluble dimeric coiled coil segments.
由来(天然)生物種: Designed protein (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
150.0 mMSodium ClorideNaCl
10.0 %Glycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: Samples were applied to glow discharged carbon-coated copper grids, washed quickly with distilled water and negatively stained with 2% (w/v) uranyl acetate.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1230
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: Xmipp, RELION) / 使用した粒子像数: 13425
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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